В июне 2007 года были приняты федеральные законы № 87-ФЗ «О внесении изменений в Уголовно-процессуальный кодекс Российской Федерации и в Федеральный закон «О прокуратуре Российской Федерации» и № 90-ФЗ «О внесении изменений в Уголовно-процессуальный кодекс Российской Федерации». В соответствии с ними с 7 сентября 2007 года начал функционировать Следственный комитет при прокуратуре Российской Федерации, который позднее, в январе 2011 года, полностью отделился от надзорного ведомства.
Знаменательное для органов прокуратуры событие произошло в 2008 году. По инициативе Генерального прокурора РФ Ю. Я. Чайки в целях реализации единой государственной политики в области геральдики, упорядочения официальных символов, указывающих на принадлежность к прокуратуре Российской Федерации, а также сохранения и развития исторических традиций, Указом Президента Российской Федерации от 4 октября 2008 года № 1441 был учрежден геральдический знак — эмблема и флаг прокуратуры Российской Федерации. Была проведена разработка и согласование с Геральдическим советом при Президенте Российской Федерации ведомственных наград нового образца для награждения работников органов прокуратуры. Видоизменился знак «Почетный работник прокуратуры».
Флаг прокуратуры Российской Федерации
В том же 2008 году Генеральная прокуратура РФ «приросла» еще одним зданием — бывшей усадьбой Воронцовых-Раевских на улице Петровка, 14. Знатоки московского зодчества отметили, что великолепный архитектурный стиль усадьбы — настоящее воплощение строгости и величия. Усадьба была построена в начале XVIII века и принадлежала графу И. И. Воронцову, позднее семье Раевских.
Летом 2008 года в Санкт-Петербурге была проведена Конференция всех генеральных прокуроров Европы, на которой обсуждалась деятельность органов прокуратуры вне уголовно-правовой сферы. На конференции присутствовали и выступали Генеральный секретарь Совета Европы Терри Девис и Комиссар по правам человека Томас Хаммерберг.
С 1 мая 2009 года органы прокуратуры приступили к исполнению новых функций по согласованию проведения внеплановых выездных проверок в отношении субъектов малого и среднего предпринимательства (впоследствии с мая 2010 года в отношении всех хозяйствующих субъектов), а также формированию ежегодного сводного плана проведения контролирующими органами федерального, регионального и муниципального уровней плановых проверок (ФЗ № 294 от 26.12.08 «О защите прав юридических лиц и индивидуальных предпринимателей при осуществлении государственного контроля (надзора) и муниципального контроля»).
Дополнительным механизмом защиты прав субъектов предпринимательства стало формирование сводного плана, в процессе которого прокурор дает оценку обоснованности и правомерности предложений контролирующих органов о проведении проверок конкретных юридических лиц и индивидуальных предпринимателей. Незаконные проверки исключаются из плана. До 31 декабря года, предшествующего году проведения проверок, сводный план размещается на официальном сайте Генеральной прокуратуры Российской Федерации в сети Интернет.
Знак «Почетный работник прокуратуры Российской Федерации»
7 февраля 2011 года федеральным законом № 4-ФЗ были внесены изменения в статью 51 закона «О прокуратуре» Российской Федерации, согласно которой Генеральной прокуратуре Российской Федерации с 1 января 2010 года впервые за всю историю прокуратуры были переданы полномочия по ведению единого статистического учета заявлений и сообщений о преступлениях, состоянии преступности, раскрываемости преступлений, состоянии и результатах следственной работы и прокурорского надзора.
Согласно данной новелле, полномочия Генерального прокурора Российской Федерации были существенно расширены — Генеральному прокурору Российской Федерации предоставлено право единолично устанавливать единый порядок формирования и предоставления отчетности о состоянии преступности, включая регистрацию и прием заявлений и сообщений о преступлениях, обработку данных документов первичного учета преступлений, формирование официальной статистической отчетности о состоянии преступности.