Самой благотворной стороной новой учебной реформы было увеличение духовно-училищных окладов, прекратившее прежнее бедственное состояние духовных школ. Свечной сбор в пользу духовных школ в 1870 году был заменен процентным отчислением со всех церковных доходов — по 10-12 процентов с каждой церкви.
При Александре III в 1884 году был издан новый устав духовных Академий и семинарий. Преподавателям увеличены оклады содержания и пенсий, соотносительно раскладкам министерства народного просвещения. Стали создаваться школы для образования дочерей духовенства. Начало этому было положено ведомством императрицы Марии в 1843 году, создавшим в Царском Селе первую такую школу. За ней аналогичные школы стали открываться и в других городах.
С 1860 года, с укреплением в среде духовенства сословной самодеятельности, по епархиям начали создавать епархиальные женские училища, содержавшиеся на средства епархиального духовенства. Училища эти создались во всех епархиях и сыграли в деле просвещения огромную положительную роль.
Еще в 1803 году указом “О введении наук в России” духовенство приглашалось к содействию в усилении просвещения народа. В 1836 году Высочайшим указом уже предписывалось открыть народные школы при церквах и монастырях. Духовенство с энтузиазмом откликнулось на призыв правительства и повсеместно стало заводить приходские школы на свой счет. Наибольшее развитие школы получили в селениях удельных (принадлежавших Императорскому Дому) и казенных крестьян. В помещичьих селениях на этом пути часто встречались препятствия, учителями в них были только члены местных приходских причтов.
После освобождения в 1861 году крестьян вопрос о народном образовании приобрел особенное значение. Среди духовенства поднялось необычайное просветительское движение. Церковно-приходские школы открывались по епархиям ежегодно сотнями. Духовенство жертвовало на них и свое время и свое жилище (за неимением сначала особых для школ помещений). Расходовало оно свои средства и на покупку необходимых учебных принадлежностей.
С 1859 до 1865 год было открыто свыше 21.400 новых приходских школ исключительно одним духовенством.
Примечательна реакция интеллигенции на этот процесс. Она тоже возревновала о просвещении народа и стала открывать по городам воскресные школы. Но вскоре обнаружилось, что в них велась пропаганда тех самых вредных идей, которыми она и была заражена. В 1865 году правительство вынуждено было закрыть эти школы.
В следующем году воскресные школы стали открываться вновь, но уже не нигилистически настроенной интеллигенцией, а опять же духовенством при церквах и духовных семинариях. Интеллигенция была естественно оскорблена. В своей печати она толковала о невежестве духовенства, об узости его учебной программы, об отсталости методов обучения и проч. В Министерстве народного просвещения подняли вопрос о подчинении возникших благодаря стараниям духовенства всех этих десятков тысяч народных школ самому Министерству.
В 1862 году состоялось мудрое Высочайшее повеление: приходские школы оставить в ведомстве духовенства, а Министерству ведать школами, какие оно откроет само.
В 1864 году для объединения просветительской деятельности всех народных школ были учреждены губернские и уездные училищные советы из представителей ведомств и земств под председательством архиереев. Церковные школы не получили в этих советах никакой поддержки, даже моральной, поскольку большинство в них оказалось не сочувствующим деятельности духовенства. Не нашли приходские школы поддержки и в назначенных вскоре Министерством образования инспекторах и директорах народных школ.
В 1864 году против школ духовенства активно восстали Земства, мечтавшие о школах, построенных по новейшим европейским образцам, с новым, безрелигиозным, чисто культурным направлением, с новыми методами, новыми преподавателями, для приготовления которых предполагалось завести особые учительские семинарии и институты.
Приходские школы одна за другой начали переводить в ведение Земства. Для многих школ это был и единственный путь продолжать свое существование, поскольку у духовенства не всегда оказывалось достаточно для их поддержания средств.
Число подведомственных духовенству школ быстро и резко сократилось. К началу 80-х годов их осталось четыре с небольшим тысячи. Многие земства отказывались оплачивать даже законоучительный труд духовенства в перешедших в их ведение школах, некоторые вообще считали нужным до минимума сократить уроки по закону Божию. Священники очутились в зависимости от светских лиц, которым церковные интересы если и не были вовсе чужды, то стояли на одном из последних мест.
Наконец, в 1874 году и сами архиереи были отстранены от председательства в училищных советах. На их место стали назначаться предводители дворянства. Духовенству в губернских и уездных училищных советах позволено иметь только по одному депутату.