В 1721 году, при открытии Синода, в Русской Церкви было 18 епархий. С переделами губерний число епархий увеличивалось.
Епархиальные архиереи подчинялись Синоду, как раньше патриарху. Московская епархия, как уже было сказано, до 1742 года оставалась в ведении Синода, без собственного архипастыря.
В 1753 году в ведении Синода было 30 епархий. Штатами 1764 года назначены были: 3 первоклассных епархии, т. е. митрополии; 8 второклассных (архиепископий); 15 епископий.
В эти штаты не были включены 3 малороссийские епархии и одна белорусская. В 1775 году была открыта славянская епархия, с состав которой вошли поселения сербов на юге.
С присоединением новых областей в 1785 году число епархий еще более умножилось. В 1787 году последовало разграничение епархий по пределам губерний. Штатами 1799 года предусматривалось наличие:
В это число не входил грузинский экзархат с 13 епархиями, присоединенный к синодальному управлению в 1783 году.
Замещение архиерейских вакансий производилось Синодом, который представлял избранных кандидатов (вначале двоих, а с 1822 года — троих) для Высочайшего утверждения одного из них к поставлению.
В пределах своей епархии епископ был совершенно самостоятельным, главой всех епархиальных учреждений и всего духовенства.
Органы епархиального управления долгое время оставались прежними. Коллегиальная система, данная Петром I высшему церковному управлению, была перенесена на епархии только в 1744 году. Вместо архиерейских приказов велено было учредить Консистории, существовавшие раньше только в южнорусских епархиях. Консистории представляли собой как бы канцелярию епископа.
В 1883 году Консистории получили новый устав. Согласно ему, “духовная Консистория есть присутственное место, через которое, под непосредственным начальством епархиального архиерея, производится управление и духовный суд в поместном пределе православной российской церкви, именуемой епархией.”
При образовании Консисторий ее членами могли быть только монашествующие. Позднее получили доступ и представители белого духовенства. Консистории делились на присутствие и канцелярию. Они находились в ведении Синода и их начальник назначался Синодом.
Вспомогательными учреждениями и лицами у архиерея были:
Депутатами были духовные лица, вызываемые для следствий о духовных же лицах, члены училищных и общеепархиальных съездов, присутствующие в заседаниях земств и городских дум при разбирательстве дел, связанных с церковными землями. В качестве хозяйственного епархиального управления при епископе имелся т. н. архиерейский дом.
Если при Петре I в России насчитывалось 15 миллионов православных, то при Николае II их было 115 миллионов. Если в патриарший период Русская Церковь имела 20 епархий с двадцатью же епископами, то к концу императорского периода (синодального) в ней было 64 епархии и 40 викариатств с более чем 100 епископами.
Со времени Петра I благочиннические обязанности стали поручаться особым лицам, уже не выборным, а определяемым на должность самим архиереем. Благочинные заменили выборных поповских старост, выполнявших финансовые обязанности (до 1764 года, когда были отменены архиерейские сборы с духовенства).
С конца XVIII века появилась новая должность благочинных над монастырями (из почетнейших настоятелей монастырей).
В 1766 году Синод добился смягчения административных наказаний: последовал Указ об отмене по духовному ведомству телесных наказаний для всех священнослужителей белого и черного духовенства. Появились архиереи нового склада, старавшиеся поднять духовенство из его приниженного состояния. Особенно выделялся в этом отношении святитель Тихон (Соколов), епископ Воронежский. Он еще до синодального указа отменил в своей епархии телесные наказания духовенства.
Преимущественное внимание епископов было обращено на воспитание юношества. Пока духовные училища не были открыты в каждой епархии, для испытания и обучения ставленников определены были при каждом епископе два экзаменатора.
Заведывание монастырями и иконописанием было поручено строгому надзору епископов. Подтверждено было правило, чтобы епископ обозревал епархию, по крайней мере, раз в два года, если не каждый год.
Существовала проблема, вызванная традицией передавать священнические места своим детям, и проблема, связанная с претензией прихожан располагать церковными должностями по их произволу.