Полномочия епархиальной власти, согласно законам Петра I, должны были распространяться на все церковные учреждения и всех лиц епархии, без исключения. Но таковые (исключения) остались. Кроме ставропигиальных монастырей, из круга епархиального ведомства было выделено придворное духовенство, подчиненное непосредственно Синоду в лице протопресвитера, духовника Их Величеств.
В особое ведомство при Павле I было выделено военное духовенство. В прежние времена оно находилось в подчинении епархиального начальства по месту расположения воинских частей. При Павле I в 1800 году учреждена была должность постоянного обер-священника, который был поставлен во главе всего духовенства армии и флота.
В 1816 году из его управления было выделено управление духовенством гвардейских полков под началом обер-священника главного штаба и гвардии.
В 1840 году учреждена должность обер-священника в отдельном кавказском корпусе с подчинением его обер-священнику армии и флота. О 1858 году обер-священники были переименованы в главных священников.
В 1890 году все управление военным духовенством было объединено под ведомством одного протопресвитера военного и морского духовенства и при нем духовного управления. Все это управление было независимо от епархиальных властей и подчинялось непосредственно Синоду.
Придворное духовенство управлялось особым протопресвитером, состоявшим одновременно духовником Их Величеств.
Причты заграничных церквей, получая содержание от министерства иностранных дел, управлялись петербургским епархиальным начальством, исключая иерусалимскую, пекинскую, японскую и др. миссии, состоявших в непосредственном ведении Синода.
С 1867 года разделения епархий на классы не существовало. Все Архиереи считались равными, исключая митрополитов Киевско-Галицкого, Московско-Коломенского, Петербургско-Ладожского и Экзарха Грузии.
К началу XX столетия при Синоде существовали следующие подчиненные ему учреждения:
Московская Контора управляла ставропигиальными монастырями (за исключением Соловецкого), Успенским собором в Москве и московским синодальным домом с его церковной библиотекой и ризницей. Она же снабжала епархии святым Миром. В 1892 году при ней было учреждено Училище церковного пения. Председателем Конторы был митроп. Московский, членами — один или два настоятеля московских ставропигиальных монастырей.
Грузино-Имеретинская Контора управляла церковными делами в Закавказском крае, заведовала там церковными имуществами, представляла Синоду кандидатов на архиерейские кафедры. Ее председателем был экзарх Грузии, членами — четверо настоятелей монастырей и протоиерей. При обоих Конторах состояли:
Все эти вспомогательные учреждения находились в ведении обер-прокурора (в 1865 году была учреждена должность товарища обер-прокурора).
В некоторых епархиях имелись викариатства. Получив титул епископа одного из уездных городов епархии, викарии не обладали правом самостоятельного управления в этом уезде. Они имели только право поставлять и смещать в уезде причетников.
Важное значение в епархиальной жизни получили съезды духовенства — епархиальные и окружные.
К концу царствования Николая I казенное жалование получали 55.163 священно- церковнослужителя при 13.214 церквах в 32 епархиях. В целях улучшения содержания духовенства при Николае I усилен надел церквей землями.
Для западных епархий с 1842 года назначены были небольшие (дополнительно к приходским средствам) оклады, которые постепенно распространялись и на другие епархии. Значительно усилилось казенное содержание духовенству при Александре III.
28 октября 1892 года было Высочайше утверждено мнение Государственного Совета об отпуске в последующих годах на обеспечение духовенства жалованьем 250.000 рублей. В конце года государь писал Победоносцеву: “Давно это была моя мечта, мое глубокое убеждение, что необходимо придти на помощь и обеспечить сельское духовенство, и теперь, слава Богу, мне это наконец удалось.” По всеподданнейшему отчету обер-прокурора за 1900 год в Церкви было:
2.230
По тому же отчету, кроме заграничного, придворного и военно-морского духовенства, казенное содержание уже получали причты 24.660 приходских церквей. По-прежнему за причтами сохранялись земельные наделы (от 33 до 99 десятин). И, разумеется, ощутимым подспорьем для духовенства были доброхотные даяния, частью деньгами, частью, особенно в сельских приходах, — хлебом и разным натуральным продуктом.
В 1904 году в России было: 4 митрополии, 1 экзархат, 62 епископии.