По решению Верховного Совета 116 сектантов были наказаны кнутом и разосланы в разные места Сибири. Наиболее активные распространители — “пророчица и богородица Агафья Карпова,” “пророки” Феодор Муратин и Тимофей Струков — были казнены. Но секта продолжала существовать. Не помогли и строгие меры, принятые в 1745-1752 годах. Ересь успела распространиться по внутренним губерниям, Волге, Дону, на Кавказе и в Сибири.
Из хлыстовства вышла секта скопцов. Оставив у себя почти все хлыстовское учение и обрядность, они до крайности расширили учение об умерщвлении плоти, требуя от всех оскопления. Основателем этой секты был орловский крестьянин Кондратий Селиванов, возмущенный хлыстовским развратом. В середине XVIII века он объявил себя сыном божиим “искупителем” (оскопителем), пришедшим спасти род человеческий от “лепости” (сладострастия), крестить “огненным крещением” и “сокрушать душепагубного змия” (т. е. оскоплять).
Самым исступленным помощником Селиванова был Александр Шилов. Их гнездом было село Сосновка в Тамбовской губернии. В короткий срок они оскопили здесь 200 человек. Селиванов, наказанный плетьми (1778), был сослан на Камчатку, Шилов с несколькими сектантами — в Рижскую крепость. Из Тамбовской и Рязанской губерний учение скопцов распространилось повсюду.
Особенно вредной сектой были духоборцы. Основателем ее считается некий бродяга, выдававший себя в Харьковской губернии за прусского унтер-офицера. Позднее Силуан Колесников завел такую же секту в Екатеринославской губернии. Сыновья его, Кирилл и Петр, продолжали дело отца. Более других содействовал распространению секты беглый гвардеец Капустин. В Тамбовской губернии богатый торговец шерстью Побирохин объявил себя “сыном божиим,” избрал 12 “апостолов,” названных им “архангелами,” и 12 “смертоносных ангелов,” преследовавших тех, кто покидал секту. Архиеп. Филарет называет эту секту “душителями.” Побирохин с детьми был сослан на поселение в Сибирь. В южных губерниях секта имела сильное распространение, даже поднимала бунты против правительства (1799 в Малороссии, например).
Архиеп. Филарет считает, что духоборство есть “чистое антихристианство, прикрывающее себя именем христианства.” Оно распространилось в Тамбовской, Харьковской и Екатеринославской губерниях, затем перешло на Волгу, на Дон и Сибирь.
До царствования Александра I духоборцев преследовали, отдавали в солдаты, ссылали в Колу и в Сибирь.
Из духоборства выделилась новая секта — молокан. Основателем ее был Семен Уклеин, крестьянин из Тамбовской губернии. Он был женат на дочери Побирохина, усвоил духоборческое учение. Через пять лет он разошелся с ней и основал новую секту. Окруженный 70 учениками, которых он избрал из своих слушателей, он торжественно, с пением псалмов, вошел в Тамбов, думая открыто проповедовать свое учение. Полиция заключила его в тюрьму. После притворного раскаяния его выпустили, но он продолжал проповедовать свое учение, приобрел последователей в Саратовской, Астраханской, Воронежской и Екатеринославской губерниях. Молокане отвергают равенство лиц Святой Троицы и истинность Тела Христова, считая его рождение, страдания, смерть и воскресение мнимыми.
Молокане вскоре стали распадаться на новые толки. Признание обязательности ветхозаветных предписаний послужило основой для выделения из них сект субботников и жидовствующих. Правительство относило молоканство к числу вредных сект. Распространено оно было в Тамбовской, Саратовской, Владимирской, Самарской, Екатеринославской губерниях и на Кавказе.
В царствование Александра I секта хлыстов действовала свободно. К ней примкнуло много лиц даже из образованных кругов, составивших “корабль” вокруг Е. Татариновой (урож. Буксгевен). На ее радениях бывали главные деятели Библейского общества, включая князя А. Голицына. Деятельность Татариновой, начавшаяся в 1817 году, продолжалась 12 лет. В 1829 году она была сослана в Кашинский Сретенский монастырь под надзор. В 1837 году была закрыта и основанная ею около московской заставы хлыстовская колония. Сектантов разослали по монастырям.
Основатель секты скопцов Кондратий Селиванов при Александре I был выпущен из сумасшедшего дома и совершенно спокойно жил в Петербурге. Время с 1801 года скопцы называли “счастливым временем.” К скопцам тоже примкнули несколько лиц из благородного общества. В 1819 году стало известно, что скопчество начало проникать в армию. Селиванов подвергся увещаниям и был сослан в суздальский Спасо-Евфимиев монастырь. Но скопчество продолжало свою деятельность. К 1832 году уже не было губернии, где не было бы скопческих сект. Николай I приказал принять строгие меры против этой изуверской секты. Она была признана самой опасной. Скопцы переселялись в Турцию, Румынию.
В 1801 году было возвращено на родину много духоборов, сосланных в свое время в Сибирь. Вожаком их по прежнему оставался Савелий Капустин.