В 1894 г. игумен Иосиф возводится в сан архимандрита. Главное его деяние – это завершение строительства Андреевского собора, одного из самых больших в православном мире. В 1893 г. он активно принимается за строительство собора. Любопытно, что собор был заложен еще в 1867 г., буквально за несколько дней до прибытия о. Иосифа на Афон. Но с тех пор был выложен только фундамент и своды. В это время в Петербурге некий молодой человек довольно скромного вида обращает свои взоры в сторону русской святыни на греческой земле. Этим человеком был знаменитый предприниматель и меценат И. М. Сибиряков, ставший через несколько лет монахом Андреевского скита, в скором времени почивший в сорокалетнем возрасте и нашедший последний приют в афонской земле. Он жертвует огромную сумму новому настоятелю подворья в Петербурге о. Давиду. Это пожертвование составляло фантастическую сумму в 2400000 руб. Часть этих денег была истрачена о. Давидом на строительство самого подворья, а половина этой суммы – передана о. Иосифу и израсходована на строительство собора[43]
. К 15 октября 1897 г. постройка была в основном закончена. Собор был оштукатурен снаружи и внутри, покрыт кровлей, были сняты леса и установлены все четырнадцать крестов на главках. В 1898 г. была закончена настилка полов. В этом же году из Петербурга доставили изготовленный мастером Кондратьевым иконостас. В знак особого благоговения к святыне он был перенесен с пристани Дафни (12 верст по гористой местности) на руках усилиями монахов скита и келлиотов. В этом же году был заложен новый больничный корпус в северной части скита. Старый больничный корпус на восточной стороне скита уже не отвечал нуждам обители. В скит, особенно в зимнее время, стали стекаться за помощью в большом количестве пустынники, и старого помещения было явно недостаточно. При больнице был устроен храм во имя свт. Иннокентия Иркутского. Храм этот был заложен еще в 1868 г. при посещении скита епископом Александром Полтавским. Скитские отцы хотели заложить храм в честь иконы Божией Матери Казанской, так как именно в день празднования этой иконы был открыт Андреевский скит. Но, к их удивлению, преосвященный владыка отказался закладывать Казанский храм и предложил посвятить параклис иркутскому свт. Иннокентию. На их недоумение владыка ответил, что в свое время скиту Господь пошлет тезоименитого святителю благодетеля, который и построит этот храм. В описываемые годы это и совершилось: в обитель поступил богатый золотопромышленник Иннокентий Михайлович Сибиряков, на средства которого был воздвигнут, в частности, и этот храм.16 июня 19000 г. Патриархом Иоакимом III в сослужении с епископом Арсением Волоколамским (Стадницким), в то время ректором Московской духовной академии, был освящен знаменитый Андреевский собор. Заложен он был, как уже говорилось, ровно 33 года назад, во время пребывания в скиту его императорского высочества Алексея Александровича в память чудесного избавления государя императора от покушения в Париже. На освящение храма его высочество не мог прибыть лично, но прислал своего представителя – начальника отдельного отряда военных судов в Средиземном море, контр-адмирала Алексея Алексеевича Бирилева. На Афон контр-адмирал и сопровождающие его лица прибыли на трех кораблях: броненосце «Александр II», канонерской лодке «Запорожец» и миноносце «№ 120». Контр-адмирала сопровождали на праздник 35 офицеров. Также большим событием было прибытие на Афон императорского чрезвычайного посла в Константинополе, его высокопревосходительства Ивана Алексеевича Зиновьева. Заметим, что он прибыл на Афон по предложению тогдашнего министра иностранных дел Михаила Николаевича Муравьёва (внука камергера двора, ктитора обители А. Н. Муравьёва). Из официальных лиц на освящении присутствовали еще императорский генеральный консул в Македонии – его высокопревосходительство Николай Александрович Иларионов и турецкий каймакам (высший турецкий чиновник на Афоне).