Главной проблемой, в которую упирались начавшиеся реформы, было упорное нежелание большинства дворян проявить инициативу в деле отмены крепостного права или же хотя бы поддержать эту отмену. И уж совсем не допускали помещики мысли об освобождении крестьян с землёй. А освобождение крестьян без наделов, «воля» без «земли» автоматически означала бы всеобщее народное восстание с поголовным истреблением дворян. Опираясь на бюрократию (которая к этому времени встала на место дворянства и являлась основной силой и опорой империи), Александр II начал подготовку крестьянской реформы, отстранив от участия в ней как крестьянство, так и дворянство – то есть тех, кого эта реформа в первую очередь касалась. Ибо дворяне требовали конституции, свободы печати и соучастия в управлении империей, категорически не желая поступаться своими, «рабовладельческими» правами и землями, а крестьяне жаждали получить бесплатно вместе с «волей» всю землю. И то, и другое, было неприемлемо для самодержавия, готовившего «освобождение» втайне от общества.
Тем не менее властями была разыграна комедия дворянской «инициативы» в деле реформы. Личный друг императора, губернатор Назимов, по просьбе Александра II от имени дворян своей губернии осенью 1857 года просил государя о начале крестьянской реформы. Поблагодарив дворян за столь «гуманные чувства», Александр II повелел дворянам всех губерний создавать свои комитеты для обсуждения условий отмены крепостного права (с обязательным наделением крестьян землёй за выкуп). При этом дворянским комитетам категорически запрещалось общаться и встречаться друг с другом: правительство не без оснований опасалось их перерастания в парламент. В 1858 году дворяне нехотя стали создавать такие комитеты.
Главными «двигателями» реформы стали министр внутренних дел С. Ланской, его помощник Николай Милютин, брат царя, великий князь Константин и глава Редакционных комиссий генерал Яков Ростовцев (бывший декабрист, впрочем, накануне 14 декабря пришедший к императору Николаю с повинной). Девять десятых дворян, создавших комитеты для обсуждения крестьянской реформы, выступили против отмены крепостного права, а многие из них требовали создания дворянского парламента и введения конституции и ругали засилье чиновников. В то же время небольшая группа либеральных дворян (тверских) требовала создания в России независимого суда, свободы слова, освобождения крестьян с землёй за выкуп. За такую дерзость либеральные дворяне были посажены государем в крепость, чтобы там подумать о свободе слова. Чиновники, готовившие реформу, лишь для вида прислушивались к пожеланиям дворянства. Иллюзия «дворянской инициативы» была создана, однако все решения принимала лишь узкая группа назначенных царём бюрократов. Видный деятель реформы, чиновник и известный путешественник П. Семёнов Тян-Шаньский откровенно писал в 1859 году: «верховная власть не могла не иметь опасения, что дворянство… теряя свои права и свою власть над массами русского народа, пожелает искать себе компенсации за счёт верховной власти, путём её ограничения». Реформа готовилась бюрократией за спиной у крестьян и вопреки желаниям большинства помещиков. Империя считала жизненно необходимой задачей сохранение за собой монополии на реформы без участия общественности.
Проигнорировав пожелания как основной массы дворянства, так и его либерального крыла, чиновники подготовили свой проект «освобождения» – проводимого за счёт крестьян и учитывающего интересы дворян, однако, не допускающего их до рычагов власти. Представляя Государственному Совету проект крестьянской реформы в январе 1861 года, Александр II сказал: «всё, что возможно было сделать для ограждения интересов дворянства, сделано».
19 февраля 1861 года государем были подписаны обширное «Положение о крестьянах, вышедших из крепостной зависимости» и соответствующий Манифест (написанный по приказу царя престарелым московским митрополитом Филаретом и, из-за высокопарного и тёмного языка, получивший в народе название «филькина грамота»). Тем не менее, до 5 марта эти документы не объявлялись крестьянам. Причина задержки ясна из откровенных слов Александра II перед обнародованием Манифеста: «Когда народ увидит, что ожидания его, то есть свобода по его разумению не сбылась, не настанет ли для него минута разочарования?» Поэтому, в преддверии объявления об «освобождении» и предсказуемого разочарования народа, власти подтягивали воинские части, мобилизовывали полицию, на всякий случай подготовили эвакуацию двора из Петербурга. Ведь само лукавое «освобождение» крестьян проходило авторитарно, насильственно (как и их закрепощение) и сопровождалось их грандиозным ограблением, а потому власти имели все основания опасаться народного возмущения – ещё более грозного, чем недовольство со стороны дворян.