Положение Суворова внезапно становится критическим. Все его усилия привели лишь к тому, что он еще больше углубился в «каменную могилу». Он остается в одиночестве, лицом к лицу с Массеной, чьи победоносные войска идут к Швицу и Гларусу, чтобы запереть выходы из долины Муотты и взять суворовскую армию голыми руками. «Судьба армии, воинская честь, репутация Суворова — все будет зависеть от решения, которое он примет» (Петрушевский). Полководец собирает военный совет. «Теперь идти на Швиц бесполезно, — говорит он. — У Массены больше 60 тыс. человек, а у нас и 20 тыс. не наберется. Отступать… позор. Мы окружены горами. Из провианта у нас остается всего несколько галет, почти не осталось боеприпасов. Мы окружены неприятелем, гордым своей победой, одержанной благодаря неслыханному предательству. Помощи ждать неоткуда… Надежда только на Бога да на величайшее самоотвержение войск, вами предводимых; только в этом и спасение… Нас ждут величайшие испытания. Мы на краю бездны. Но мы русские! Господь с нами! Спасите честь России и ее государя, спасите его сына, залог императорского доверия!» Ему отвечает старейший генерал Дерфельден: «Батюшка Александр Васильевич! Мы знаем, что нас ждет, но и ты знаешь, батюшка, солдаты преданы тебе всей душой и от всего сердца любят тебя. Верь нам! Мы клянемся тебе перед Господом, за нас и за все войска, что бы ни случилось, ты никогда не увидишь в нас ни трусости, неизвестной русским, и не услышишь ропота. Пусть хоть сто тысяч врагов встанут у нас на пути, пусть горы представляют преграды в десять раз большие, чем сейчас, мы справимся и с теми и с другими. А если мы погибнем, то погибнем со славой! Веди нас, куда хочешь, делай, что знаешь, мы с тобой, батюшка. Мы русские!» «В продолжение этой речи, — рассказывает Багратион, — я испытывал необычное возбуждение. Мощная сила сотрясала меня с головы до ног. Я пребывал в состоянии такой экзальтации, что, если бы передо мной внезапно появились тучи врагов, если бы сам Люцифер появился во главе своих злых духов, я был готов их победить… Те же чувства заставляли дрожать всех присутствовавших. Мы вышли от Александра Васильевича взволнованные, готовые победить или умереть, но умереть со славой, покрыв своими телами знамена наших полков». Суворов решает пройти под носом у противника в Гларусе. Розенберг получает приказ любой ценой задержать Массену перед Швицем до тех пор, пока основная часть армии не пройдет Брагель.
Поход возобновляется 30 сентября, на рассвете. Брагель пройден. Молитор отброшен, и Багратион открывает путь к долине Клоны. Ночью русские берут Гларус и Нетсталь. Продолжая развивать успех, 1 октября они после ожесточенной борьбы захватывает Нефельс и Молис. Подошедшая дивизия Газана помогает Молитору отбить эти населенные пункты. Багратион контратакует. С данного момента русских уже никто не беспокоит. Суворов проводит в Гларусе три дня, ожидая Розенберга. Он принял решение идти через Энгель и Рингенкопф на Илланц. Пока происходят эти события, Розенберг сражается с Массеной. 1 октября тот атакует, но «он был разбит и отброшен к Швицу, потеряв пять пушек и 1000 человек пленными. Частично причиной этого успеха был поспешный марш Массены через долину» (Клаузевиц). Решительность, проявленная отрядом Розенберга, спасает армию Суворова. Массена не пытается повторить атаку. Он направляется в долину Линта, надеясь навязать бой Суворову. Слишком поздно.
Суворов выступает утром 5 октября. 6-го он начинает переход через Паникс. Дорога, пролегающая из долины Линт через Сернфталь, пересекает Рингенкопф и ведет к Паниксу, но глубокий, свежевыпавший снег делает дорогу практически непроходимой. Итак, русские, среди которых множество больных и раненых, по большей части босые, борясь с сильнейшим голодом, должны снова карабкаться на высокие горы, окружающие их. «Я видел Суворова, — свидетельствует один офицер, — едущим на тощей кляче и старающимся освободиться от двух огромных казаков, которые поддерживали его и вели лошадь под уздцы. Фельдмаршал возмущался: „Отпустите меня, отпустите меня, я могу идти сам“. Но его телохранители оставались невозмутимыми и флегматичными, лишь время от времени отвечали, не разжимая зубов: „Сиди спокойно“». Но это было последнее испытание. 7 октября вечером Суворов приходит в Илланц, где соединяется с австрийцами Линкена, а 8-го находит в Куаре свою артиллерию, обозы, провиант. Швейцарский поход завершен. Из 20 тыс., которые насчитывала армия в его начале, в строю осталось около 15 тыс. 1600 человек умерли, 3500 раненых оставлены в Гларусе. «Швейцарский поход, — пишет один русский историк, — показывает, как армия, поставленная в отчаянное положение, может выйти из него благодаря неукротимому духу командира».