Требовалось провести ревизию по всем делам, и в 1621 году создали Приказ счётных дел. Ещё через несколько лет ограничили власть наместников, усилив права земских властей и повсеместно восстановив институт губных старост. Правительство предписало выбирать их из наиболее состоятельных дворян. Там, где не было воевод, губной староста сосредоточивал в своих руках не только уголовные дела, а и всё областное управление, становился земским судьёй. А где оставались ещё воеводы, продолжались и злоупотребления. Земские люди говорили на Соборе 1642 года (стало быть, спустя двадцать лет после рассылки всей земле грамоты о запрете давать взятки воеводам): «В городах всякие люди обнищали и оскудели до конца от твоих государевых воевод».
Но случалось и такое, как в городе Дмитрове: в 1639 году мир просил губного старосту, а в 1644-м уже хлопочет о назначении воеводы. Очевидно, что в уездах было мало людей, годных для дела, ибо все такие люди правительством «выволочены на службу», в армию или московские правительственные учреждения.
В то же время некоторые общины, преимущественно в «чёрных землях», на севере, сохранили полное самоуправление.
Если же говорить о центральном правительстве, то упадок приказного строя во второй четверти XVII века становился всё заметнее. Хоть и сумел властный и энергичный патриарх Филарет привести в порядок, расшатанный за время Смуты приказный механизм, он всего лишь реставрировал старину. Да и новые приказы создавал по старым образцам. С его смертью дела шли всё хуже и хуже, и к концу царствования Михаила кризис стал очевидным. Слабый царь не вникал в происходящее, чиновники вели свою «игру», росло самовольство и злоупотребления судей и дьяков, население жаловалось на волокиту и злоупотребления, да вот только бороться с ними было некому: высшая персона не соответствовала моменту. Михаил не мог ни поставить цели, ни сформулировать задачи, ни стребовать с исполнителя результата, ни подобрать новых исполнителей.
В 1645 году Михаил Романов умер. Особых успехов он ни в чём не достиг (за исключением некоторой пограничной стабилизации и возвращения Новгорода), и сохраняющиеся проблемы — в том числе территориальные с Польшей и Швецией, предстояло решать его сыну, царю Алексею Михайловичу Тишайшему (1629–1676).
1535 год — Разрядный приказ
1547 год — Приказ Большого Дворца
1556 год — Поместный приказ
1564 год — Приказ Большого прихода
1567 год — Ямской приказ
1571 год — Челобитный приказ, Холопий приказ, Разбойный приказ
1573 год — Постельный приказ
1579 год — Земский приказ
1582 год — Пушкарский приказ
1586 год — Иноземки приказ
1599 год — Конюшенный приказ,
Казанский приказ
1601 год — Стрелецкий приказ
1616 год — Казачий приказ
1619 год — Сыскной приказ
1620 год — Аптекарский приказ
1621 год — Приказ счётных дел 1628год — Приказ каменных дел
1634 год — Приказ сбора ратных людей
1634 год — Приказ сбора даточных людей
1637 год — Сибирский приказ
1646 год — Приказ тайных дел
1649 год — Монастырский приказ
1667 год — Торговый приказ
Шестнадцатилетний на тот момент новый царь начал с того, что распустил Боярскую думу, заменив её Ближней думой — узким кругом советников. В том же 1646 году появился приказ Тайных дел для исполнения «всяких царских и тайных дел». Это учреждение состояло из одних лишь дьяков и подъячих, вообще без бояр, а создал его царь для того, чтобы «царская мысль и дела исполнялися все по его хотению, а бояре и думные люди о том ни о чём не ведали». Цель его создания осталась непонятной.
В те года средством контроля над приказными были челобитья населения. Любой имел право подать лично царю челобитную с жалобой на любой судебный приговор, на любое действие приказных, и вообще на обидчиков. Неограниченное право контакта людей с царём позволяло ему узнавать, что делается в его царстве. Царь, взяв у просителя, как сказали бы сейчас, его жалобу, тут же передавал её челобитному дьяку с приказом пометить на ней милостивый царский указ. Челобитчик с этой резолюцией отправлялся в соответствующий приказ, который должен был исполнить государеву волю или доложить государю, если возникали какие-либо затруднения.