И вдруг молодой царь ни с того ни с сего создаёт Тайный приказ. Зачем? Полагают, он хотел узнавать мнение народа без влияния приказных и бояр — но ведь был у него уже Челобитный приказ, были Земские соборы. А функций тайной полиции на новый приказ возложено не было. Так и остаётся загадкой, зачем он был создан.
А вот что из этой затеи получилось, известно.
Тайный приказ быстро разросся в большое учреждение с многочисленным персоналом и широким кругом дел. Всё в нём несло печать личных вкусов и интересов Алексея: рядом с важными государственными делами, по непонятной причине переброшенными сюда из других приказов, вдруг почему-то соколиная охота, или личная переписка царя, или какое-то хозяйственное дело, вроде винокурения или откорма скота; рядом с делами благотворительности — смета приходов и расходов.
По мнению С. Б. Веселовского, молодой царь не чувствовал себя хозяином в разросшемся за века «приказном мире», ему хотелось иметь свою «опричнину», и он, отчаявшись стать хозяином в старом доме, решил построить себе особое жильё: Тайный приказ. И точно так же, как опричники Ивана Грозного, призванные стать неподкупными судиями в интересах государства, переродились в воров и насильников, так и дьяки Тайного приказа выродились в обычных коррупционеров. Близость к царю позволяла им совершать такие злоупотребления, какие прочим дьякам не могли бы и присниться. Злоупотребляли не только дьяки и подьячие Тайного приказа, но даже посторонние, если имели родство с подьячими этого органа.
Со смертью Алексея Михайловича Тайный приказ, как совершенно ненужный, был немедленно уничтожен…
Упомянем ещё одну новинку, пришедшуюся на время его правления. Было подготовлено и в 1649-м утверждено на Земском соборе Соборное Уложение, в котором в 25 главах из 967 статей содержалось объяснение государственного права, судоустройства и судопроизводства, вещного и уголовного права и ряда других норм. Этот документ действовал затем до 1830-х годов, когда его сменил Свод законов Российской империи.