Своими укреплениями стали обзаводиться и крупные монастыри: Троице-Сергиев (1540–1550), Кирилло-Белозерский (конец XVI в.), Соловецкий (1584–1599) и многие другие. В Москве юго-западные рубежи охраняли Новодевичий (1524) и Донской (1592) монастыри. Возводятся стены Спасо-Андроникова, Симонова, Новоспасского и Данилова монастырей. После того, как в начале XVI в. был принят «общежительный устав», требовавший совместного питания монахов, стали строить трапезные с храмом, примыкающим к столовому залу. Столовая палата XVI в., как правило, имела квадратный план с центральным столбом. Вход в нее вел через «красное крыльцо».
В конце XV в. с усилением Московского государства утверждается палатно-дворцовый жанр
(Грановитая палата в Москве, дворец в Угличе и т. п.). До сих пор в Москве сохранились жилые здания, возведенные на каменных подклетях XVI в., например палаты бояр Троекуровых, в которых сейчас находится музей музыкальных инструментов.Наиболее новаторское направление в каменном зодчестве XVI в. представляют столпообразные шатровые храмы. Большинство шатровых церквей носило мемориальный характер и было связано с важными государственными событиями. Восьмерик с шатром (как писали летописцы, церковь «древяна вверх») был традиционно русской формой деревянного храма начиная с XII в. Шатровые деревянные храмы сыграли решающую роль в становлении новых форм каменного зодчества в XVI в. и возводились до конца XVIII в., хотя были запрещены уже в середине XVII в. патриархом Никоном как не отвечающие церковному чину, т. е. пятиглавию. Выше говорилось о пирамидальности раннемосковского зодчества (пример — Спасский собор Спасо-Андроникова монастыря). Шатровое завершение храма — следующий этап развития идеи пирамидальности. В то же время здесь видны ренессансные черты: чистота форм; редкая, но изящная ренессансная лепнина; применение золотого сечения и т. п. Шатровые венчания сравнивались с силуэтами островерхих елей. Примером шатрового типа храма является собор Вознесения в селе Коломенском близ Москвы.
Этот выдающийся памятник русского зодчества построен в 1530–1532 гг. в честь рождения долгожданного наследника, будущего первого русского царя Ивана Грозного. Здание возводилось из кирпича с белокаменными деталями. Поставленный на подклете с гульбищем крестообразный объем переходит в восьмигранник, завершающийся шатром. Мастера порывают с каноническими тинами церквей и даже отказываются от апсиды.
Церковь Вознесения — один из величайших образцов русского шатрового зодчества, наиболее оригинального в каменном зодчестве Руси, поэтому оно так удивляло и восхищало западных деятелей культуры.
Французский композитор Гектор Берлиоз писал: «Ничто меня так не поразило в жизни, как памятник древнерусского зодчества в селе Коломенском. Многое я видел, многим любовался, многое поражало меня, но время, древнее время Руси, которое оставило свой памятник в этом селе, было для меня чудом из чудес… Во мне все дрогнуло. Это была таинственная тишина, гармония красоты законченных форм… Я видел стремление ввысь и я долго стоял ошеломленный».
После этого как не согласится с летописцем, что «церковь та велми чюдна высотою и красотою и светлостию, такова не бывала прежде того в Руси». Церковь Вознесения вошла в золотой фонд мировой архитектуры.
В Коломенском был построен также великолепный деревянный дворец царя Алексея Михайловича, к сожалению, не сохранившийся, как и многие другие деревянные строения.
В развитии шатрового стиля усматривают реминисценцию романо-готических образцов. С другой стороны, видна последовательная эволюция национальной классики. Это заметно, например, в храме Василия Блаженного, который продолжает традицию раннемосковского зодчества, прежде всего Спасского храма Спасо-Андроникова монастыря, но похож и на один из архитектурных набросков Леонардо да Винчи.
Этот монумент в честь победы русских войск над Казанским ханством построен в 1555–1561 гг. по обету Ивана IV. Казань пала на следующий день после праздника Покрова и собор носит официальное название Покровского, или Покрова Богородицы «что на Рву», в благодарность за покровительство небесных сил. В народной памяти он связан с именем юродивого Василия, который в то время был широко известен в Москве и погребен в пределе собора. Отсюда второе, более употребительное название.