В 1484–1489 гг. псковские зодчие перестраивают Благовещенский собор Московского Кремля — домовой храм великих князей. Как отмечает П.Н. Милюков, аркатурный пояс собора, венчавший апсиды, перекликался с арочным обрамлением глав и содействовал композиционной связи с Успенским собором. Эти владимиро-суздальские детали органично сочетались с характерной для Пскова конструктивной системой ступенчатых подпружных арок и раннемосковским приемом устройства кокошников. Здесь впервые в каменную московскую архитектуру проникают новые элементы, «происхождение которых приходится искать не на Востоке и не на Западе, а в строительных формах
Проникновение в московскую архитектуру чисто русских форм покрытия в конце XV в. (Благовещенский собор) дало новый стимул для их развития. В результате мы имеем два выдающихся памятника русского стиля: собор Василия Блаженного и Вознесенский собор в селе Коломенском.
В те же годы (1484–1488) построен домовой храм московских митрополитов — церковь Ризположения, в которой также соединились художественные традиции разных школ. В 1505–1509 гг. архитектор Алевиз Фрязин строит Архангельский собор Московского Кремля. Соборы Московского Кремля рассматриваются как ступень русского Предвозрождения в области архитектуры.
В 1487–1491 гг. при участии итальянских архитекторов Марка Фрязина и Антонио Солари возводится Грановитая палата с парадным Тронным залом русских царей. Официальный вид палате придавала облицовка гранеными плитами из белого известняка (отсюда и название). Аналогичная одностолпная палата была сооружена за два года до Грановитой в Симоновом монастыре, а образцом послужила палата Владычного двора в Новгороде (1433).
В 1485 г. начинают возводить новые кирпичные стены Кремля. К началу XVI в. (в основном в 1485–1495 гг.) было закончено строительство укреплений Московского Кремля, впервые выполненных из кирпича. По своим техническим качествам Московский Кремль не уступал лучшим фортификационным сооружениям Западной Европы. До наших дней уцелела монументальная стрельница Троицких ворот, правда, потеряв боевые зубцы.
Ивановская колокольня (1505) увенчала композицию Московского Кремля. Столп звонницы был возвышен в 1600 г. по указу Бориса Годунова. Иван Великий стал самым высоким сооружением в Москве (80 м) и символом Русского государства. Он начинает и завершает развитие русского зодчества XVI в.
Основные сооружения Московского Кремля, дошедшие до наших дней, возводились примерно в одно время (с 1475 по 1505 г.). Они составляют единый ансамбль, имеющий огромное социальное, практическое и эстетическое значение. Как писал П.А. Вяземский:
В строительстве ансамбля Московского Кремля ярко проявляется подъем национального самосознания, вызванный обретением независимости. С этого момента началось победное шествие Русского государства, символом которого стал Московский Кремль. Одного слова «Кремль» достаточно для того, чтобы стало ясно, о чем идет речь.
С освобождением от монгольского ига архитектура меняется. Скромная и спокойная до XV в., она становится величавой и внушительной. Выражением этого служат Московский Кремль, собор Воскресения в Коломенском и собор Василия Блаженного. Архитектура Московского царства отличается и от раннемосковской архитектуры, и от творений зодчих Владимира, Новгорода и Пскова.
В 1492 г. строится крепость Иван-город напротив Нарвского замка Ливонского ордена. В 1500–1511 гг. возникает каменный кремль Нижнего Новгорода, находящегося на важной торговой и стратегической дороге к Казанскому ханству. Затем последовали каменные крепости Тулы (1514–1521), Коломны (1525–1531), Зарайска (1531), Можайска (1541), Казани (1555), Серпухова (1556), Астрахани (1582–1589). В конце XVI в. строятся города-крепости на Волге — Самара, Саратов, Царицын, а также Архангельск на Двине (1583–1584), Тюмень (1586) и Тобольск (1587) после покорения в 1582 г. Сибирского ханства. Первоклассную каменную крепость в Смоленске (1597–1602) соорудил Федор Савельевич Конь. Как отмечает К.Г. Вагнер, характерен общий облик русских крепостных сооружений, лишенных устрашающей суровости и мрачности романских замков, словно ощеривших острия зубцов и шпилей против врага. От городских укреплений и монастырских стен Древней Руси веет сдержанной силой. Они не столько угрожали, сколько защищали горожан.