В конце 60–х годов церковная жизнь стабилизировалась в сравнении с бурным началом десятилетия. Но начал сказываться острый недостаток в кадрах духовенства. Старшее поколение священников, переживших предвоенное и военное лихолетье, уходило в иной мир. Закрытие духовных школ, сокращение числа воспитанников в оставшихся школах не позволяло восполнять естественную убыль духовенства выпускниками семинарий. Приходилось рукополагать благочестивых мирян, не получивших школьного церковного образования, часто с недостаточным общим образованием. На Украине, в особенности Западной, в ограде Церкви осталось несравненно больше чад, чем в России; большая часть детей в Галиции, Закарпатье, на Волыни — воспитывались в религиозных семьях. Поэтому среди рукополагаемых не только для церквей своего края, но и для служения в российских епархиях преобладать стали выходцы из западных епархий.
К концу 60–х годов, когда уходило из жизни поколение людей, чья юность пришлась на дореволюционные годы; заметно уменьшилась в сравнении с послевоенным десятилетием и посещаемость храмов прихожанами. Снизилось число крещений. В России среди молящихся в церквах решительно преобладали теперь уже пожилые женщины. Состарились те, кто вернулся в Церковь в военные и послевоенные годы, а приток молодых людей в Церковь почти иссяк; обращения были немногочисленными, в основном в среде столичной интеллигенции.
Но духовное горение верных чад Церкви не угасало. Вот как описывает свои впечатления от посещения православных храмов в нашей стране русская гостья из-за рубежа. "Будничная служба у Николы в Хамовниках. Без хора пели женщины по–крестьянски, но так естественно, как дыхание. Эти простые и скромные люди не были ни экстатичны, ни трагичны, но скоро погружаешься в поток их напряженной беседы с Богом, и в голову приходит мысль: "Так молятся только тогда, когда в доме умирающий". И вот ее же впечатление от посещения Никольского собора в Ленинграде: "Переводчицы ретировались в комнату при галерее. Когда подходил момент пения Символа веры, я не вытерпела и позвала переводчиц посмотреть. Оказалось, что ни одна из них никогда не была в церкви. Они были изумлены. "Чаю воскресения мертвых…", — как гром неслось к сводам Церкви, а они, забыв положенный им этикет снисходительной терпимости к отсталым старушкам, свесившись, смотрели вниз на небывалую красоту и повторяли: "Наизусть поют!.." Около церкви продавали ветки березы в Троицын день. По дороге мне встретилась сгорбленная старушка. Увидя у меня ветки, она взмолилась: "Дай мне, голубка, веточку, Христа ради! Стояла в очереди вчера, да не достала". Я с радостью поделилась. Тогда она, стоя тут же на тротуаре, стала широко креститься и кланяться, молясь за моих покойных родителей, за меня и всех моих родных. Это была Россия, меня молитвенно провожающая".
В 60–е годы из жизни ушли выдающиеся иерархи: митрополиты Гурий (Егоров; +1965), Иоанн (Соколов; +1968), Мануил (Лемешевский; +1968), Нестор (Анисимов; +1962), архиепископ Лука (Войно–Ясенецкий; +1961), епископ Афанасий (Сахаров; +1962). В это же десятилетие были хиротонисаны во епископы: Никодим (Ротов) - в 1960 году, Кассиан (Ярославский), Алексий (Ридигер; ныне Патриарх Московский и всея Руси), Николай (Кутепов) - в 1961 году, Серафим (Никитин) - в 1962 году, Антоний (Мельников) - в 1964 году, Владимир (Сабодан) и Ювеналий (Поярков) - в 1966 году.
10 апреля 1970 года Патриарх Алексий I вместе с членами Синода подписал томос, которым дарована была автокефалия Православной Церкви в Америке, называвшейся до тех пор Греко–Православной католической Церковью в Америке, или по–другому — "митрополичьим округом", выросшим из миссионерской Алеутской и Аляскинской епархии. Соглашение о нормализации отношений с Американской Церковью было подписано 31 марта митрополитом Никодимом и митрополитом всей Америки и Канады Иринеем.
Московская Патриархия тогда же нормализовала отношения с Японской Церковью, которая в послевоенные годы оказалась незаконным образом в юрисдикции Американского "митрополичьего округа", даровавшего ей автокефалию. С иерархий Американской и Японской Церквей сняты были запрещения, тяготевшие над ними.
На заседании 10 апреля 1970 года Священный Синод причислил к лику святых просветителя Японии — равноапостольного Николая (Касаткина).
Устроение канонически правильных отношений Московского Патриархата с Американской и Японской Церквами явилось последним первосвятительским деянием Патриарха Алексия. Жизнь великого старца, перешагнувшего за 90–летний рубеж, угасала. После праздника Сретения, 15 февраля, Святейший Патриарх перенес инфаркт. Последние дни своей земной жизни он провел в загородной резиденции в селе Лукине. 17 апреля, зная о приближении смерти, Патриарх продолжал работать: последнего посетителя он принимает за 19 минут до кончины. В 21 час 49 минут сердце Святейшего Патриарха остановилось. Возле одра Святейшего находились дежурный врач и его личный секретарь Остапов.