При прощании с ректором в 1911 году один из его учеников сказал: "Вы поступили… именно в то время, когда в духовной школе особенно чувствовалась нужда в хороших начальниках, наставниках и руководителях… В Вас мы сразу же нашли приветливого, отзывчивого ко всем нашим юношеским запросам начальника и доброго воспитателя — человека… Ревностно относясь к поддержанию и укреплению в нас необходимого религиозного чувства и направления, Вы создали особенно торжественное и величественное богослужение… Вы так бережно обращались с душой каждого, боясь излишней суровостью запугать ее, оттолкнуть от себя". Из Тулы архимандрит Алексий был переведен в Новгород ректором семинарии и настоятелем древнего монастыря преподобного Антония Римлянина. Ректорские труды под руководством его учителя, теперь уже Новгородского архиепископа Арсения, продолжались менее двух лет.
28 апреля в Софийском соборе состоялась хиротония архимандрита Алексия во епископа Тихвинского, викария Новгородской епархии. Хиротонию возглавил высокий, гость России — Патриарх Антиохийский Григорий IV. В слове при наречении ставленник сказал: "Служение епископа есть путь страданий и Креста, потому что оно есть последование за Пастыреначальником -Христом, потому что оно есть продолжение того дела спасения людей, на которое послал Спаситель своих учеников и апостолов, кровью и смертью запечатлевших свое посланничество… И я восхожу на епископскую кафедру, которую святой Григорий Богослов… назвал "завидною и опасною высотою", исповедуя свое недостоинство, свою немощь, свою духовную нищету… Я благодарю Бога за то, что дает нам редкое, исключительное счастье иметь во главе моих рукоположителей великого представителя древнейшей святой Антиохийской Церкви Блаженнейшего Патриарха Григория… Твоих усердных молитв, святой владыко Церкви Новгородской, архипастырь и благодетель мой, я с особым дерзновением прошу и молю. Под твое мудрое и надежное руководство всеблагий Промысл поставил меня еще тогда, когда из мира я всей душой устремился на путь святого иночества… и с тех пор вся моя иноческая жизнь связана с тобою… Научи меня твоей любви к пастве, твоей неоскудевающей архипастырской ревности, твоей твердости и мудрости, твоему неотступному стоянию за правду…"
Когда началась первая мировая война, епископ Алексий воодушевлял свою паству на самопожертвование ради Отчизны. В речи перед войсками, уходившими на фронт, епископ сказал: "Настал час воли Божией, наступила грозная година испытаний для нашего дорогого Отечества. Грозный и лукавый враг дерзновенно поднял меч свой на нас и угрожает нашему священному достоянию… быть может, Промысл Божий готовит нам великий жребий подавить ту вековую неправду и то беззаконие, которые тяготели над государствами Европы…" Будущий Предстоятель Русской Церкви устраивает лазареты, служит в них молебны и панихиды по усопшим. В ту пору архиепископ Арсений подолгу бывал в Петербурге, участвуя в деятельности Священного Синода и Государственного Совета, и викарный епископ управлял епархией.
Получив в феврале весть об отречении Императора Николая II, епископ Алексий обращается к пастве с воззванием: "Твердо веруя, что за крестом внешних испытаний и внутренних нестроений дорогой Родины нашей наступит светлое воскресение и обновление Великой России, православное духовенство города Новгорода призывает всех объединиться в общей горячей молитве к милосердному Господу, да благословит Он в эти тяжелые минуты созидательную работу нового строя". В тяжкие годы гражданской войны епископ оставался в своей епархии, большую часть времени самостоятельно управлял ею. В Новгороде на его долю выпали суровые испытания.
В феврале 1921 года Патриарх Тихон назначил епископа Алексия первым викарием Петроградской епархии с титулом епископа Ямбургского. А вскоре после этого разразился обновленческий раскол. 29 мая 1922 года, после ареста митрополита Вениамина, епископ Алексий вступил в управление Петроградской епархией. Желая разрядить ситуацию, управляющий епархией снял отлучение с взбунтовавшихся клириков: протоиереев А. Введенского, А. Боярского и священника Е. Белкова. Обновленческое Высшее Церковное Управление через протоиерея В. Красницкого, заместителя Председателя Высшего Церковного Управления, в ультимативной форме потребовало от епископа Алексия подчиниться ему: "Предлагаю вам, — писал самозванец, — немедленно вступить в обязанности Председателя Епархиального управления, без чего не может быть осуществлено Вами управление Ленинградской епархией. Ленинградское Епархиальное управление должно действовать строго по указанию Высшего Церковного Управления". Епископ Алексий отказался подчиниться самочинному раскольническому центру, и был им "уволен на покой". По проискам живоцерковников он в октябре 1922 года подвергся административной высылке в Казахстан в город Каракалинск.