В Уставе 1910–1911 гг. дано новое определение академии: «Православные духовные академии суть закрытые высшие церковные училища, христианским воспитанием и высшей православно–богословской наукой приготовляющие христиански просвещенных деятелей для служения святой православной Церкви, прежде всего в области церковно–пастырской, а затем и на других поприщах духовной деятельности, предпочтительно в священном сане» (§ 1). «В круг деятельности академий входит: 1) высшая ученая разработка богословия на церковном, строго православном основании; 2) преподавание богословских наук и некоторых небогословских, необходимых для основательного научного изучения богословия во всех его разветвлениях и для просвещенного служения святой Церкви на пастырском, духовно–учебном, миссионерском и других поприщах; 3) воспитание в учащихся любви к святой Церкви и ее установлениям и преданности престолу и отечеству» (§ 2). Это добавление, впервые введенное в устав духовных учебных заведений, было как бы ответом на либеральные устремления, наблюдавшиеся в 1905–1907 гг. при обсуждении церковной реформы. Академии по–прежнему оставались под непосредственным контролем и опекой епархиальных архиереев, но в компетенции Святейшего Синода (§ 3), который назначал ректоров и инспекторов (§ 11). Епископ только представлял кандидата на ректорскую должность, который обязан был иметь ученую степень не ниже магистра богословия и принадлежать к духовному сословию, право же назначения было прерогативой Святейшего Синода (§ 34). В примечании 3 к этой статье говорится, что ректорами Московской и Киевской Академий могут быть только лица монашеского звания. «Изменения» в Уставе от 26 августа 1911 г. обобщают это установление и окончательно уточняют его: «Ректор академии, по представлению местного епархиального архиерея, назначается Святейшим Синодом из известных ему своими достоинствами лиц, имеющих ученую степень не ниже магистра богословия, и состоит в сане епископа» (§ 34). Устав 1910 г. содержит особую главу об отношениях Святейшего Синода с академиями (§ 11–12). В § 65 устанавливается: «Преподаватели академии могут быть только лица православного исповедания, строго православного образа мыслей и церковного направления, предпочтительно состоящие в священном сане». Избрание профессора или преподавателя академическим советом нуждалось в утверждении. В случае отклонения кандидатуры Святейшим Синодом совет имел право в течение полугода представить новую. Если этого не происходило, то назначение осуществлялось по усмотрению Святейшего Синода (§ 70), который вообще оставлял за собой право в случае надобности назначать и увольнять профессоров и доцентов (§ 72). Инструкция относительно «профессорских стипендиатов» оставалась прежней (§ 73), две вакансии предназначались для монахов, с отличием окончивших академию (§ 76). § 86 дополняет два первых параграфа: «Преподаватели ведут свое преподавание в строго православном духе, направляя свою деятельность к утверждению в умах студентов благоговения пред непреложной истиной православия и готовности послужить святой Церкви. Никакие уклонения от сего правила не могут быть терпимы».
Согласно Уставу 1910 г., было увеличено число кафедр и для студентов организованы по университетскому образцу практические занятия (семинары). Обязательные дисциплины делились на общеобязательные и дополнительные, которые объединялись в группы в зависимости от педагогической или научной специализации. В Уставе названо 14 общеобязательных предметов и 6 групп, но уже через год «Изменениями» от 29 августа 1911 г. были определены 17 общеобязательных предметов и 4 группы. Окончательный вариант учебной программы был рассчитан на четыре года и включал следующие общеобязательные дисциплины: 1) Новый Завет; 2) Ветхий Завет; 3) патрологию; 4) введение в богословие; 5) догматику; 6) нравственное богословие; 7) пастырское богословие, в том числе аскетику и гомилетику; 8) литургику (поначалу отнесенную к дополнительным дисциплинам); 9) церковную археологию и историю христианского искусства (также сперва дополнительный предмет); 10) историю и критику раскола; 11) историю и критику сектантства; 12) историю древней Церкви; 13) историю Русской Церкви; 14) церковное право; 15) систематическую философию (а), логику (б); 16) психологию; 17) греческий (в Московской и Петербургской Академиях) и латинский (в Киевской и Казанской Академиях) языки. Кроме того, студент должен был определиться между историей философии и педагогикой; факультативно преподавались языки: французский, немецкий и английский.