Еще со времени первой реформы 1808–1814 гг. за Московской Академией закрепилась слава ведущей, занимающей особое место в системе духовного образования и в истории русского богословия.
Киевская Академия была единственной, где после реформы 1869 г. ученому монашеству удалось сохранить за собой ректорство и общее руководство. В истории Киевской Академии, бесспорно, почетное место принадлежит ее долголетнему ректору архимандриту, позже епископу Сильвестру Малеванскому (1883–1897), который, будучи профессором догматики, много способствовал развитию этой дисциплины [1608]
. Теснейшим образом с академией была связана деятельность В. Ф. Певницкого († 1911), сначала (с 1860 г.) доцента по церковной литературе, а затем долгие годы профессора пастырского богословия, гомилетики и истории проповеди. Через его школу прошли чуть ли не все священники Киевской и южных епархий во 2–й половине XIX и начала XX в. Ему, опытному педагогу, который был к тому же и плодовитым литератором, удалось, как ни в какой другой академии, пробудить в студентах истинное усердие к проповеди. С начала 60–х гг. Певницкий опубликовал в «Трудах» академии большое число работ по проблемам Церкви и общества, особенно о реформе 1869 г. и высшем образовании. В 1905–1907 гг. он активно участвовал в подготовке церковной реформы [1609]. Нравственное богословие в продолжение нескольких десятилетий также читал человек светский — М. А. Олесницкий, сначала доцент, а затем профессор по кафедре нравственного богословия и педагогики. Как и на многих его современников, преподавателей академий после 1860 г., глубокое впечатление на него произвело протестантское богословие, его этика основывалась главным образом на системе Ричля (Ritschl) (1822–1889). Консерватор и человек строгих правил, митрополит Иоанникий Руднев (1891–1900) в конце концов заставил этика–либерала отказаться от этого предмета и с 1895 г. ограничиться лекциями по психологии [1610]. Кафедра истории Русской Церкви несколько десятилетий, с 1861 по 1897 г., тоже находилась в одних и тех же руках — профессора И. И. Малышевского. Служебное долголетие было вообще характерно для Киевской Академии, в которой и смены ректоров происходили относительно редко: за период с 1859 по 1897 г. — всего дважды. Другой ее замечательной особенностью было сохранение преподавания главных дисциплин за светскими учеными даже после Устава 1884 г. Всеобщую церковную историю почти 30 лет читал М. Г. Ковальницкий, позднее ставший с именем Димитрия архимандритом и епископом (принял монашеский сан в 1898 г.). По окончании Киевской Академии он преподавал сперва, будучи предшественником М. А. Олесницкого, нравственное богословие (1867–1869), затем всеобщую церковную историю, позднее он стал инспектором (1895–1898) и ректором академии (1898–1902). С 1902 по 1917 г. ректорами здесь были, теперь уже часто сменяясь, ученые монахи. Из профессоров заслуживает еще упоминания литургист А. А. Дмитриевский († после 1929 г.), много сделавший для развития этой не избалованной особым вниманием в российских академиях дисциплины [1611].