Въ правленіе м. Симона состоялось соборное постановленіе о низложеніи и отлученіи преемника Св. Геннадія, архіеп. новгородскаго Св. Серапіона. Іосифовъ монастырь находился во владѣніяхъ удѣльнаго князя Волоколамскаго, племянника Іоанна III. Пр. Іосифъ повѣствовалъ такъ объ его притѣсненіяхъ: “Князь Ѳеодоръ Борисовичъ во все вступается: что Богъ пошлетъ намъ, въ томъ воли не даетъ; иное даромъ проситъ, другое въ полцѣны беретъ; если его не послушаемъ, то хочетъ кнутомъ бить чернецовъ, а на меня бранится. И мы боялись его, давали ему все, что благочестивые люди дарили монастырю — коней, доспѣхи, платье; но онъ захотѣлъ еще денегъ, и началъ присылать за ними ...” Приведены и другіе случаи вымогательствъ. Пр. Іосифъ, получая все сильнѣйшія требованія отъ кн. Ѳеодора, просилъ архіепископа новгородскаго Серапіона о передачѣ его обители подъ власть великаго князя. По случаю моровой язвы, около Новгорода были поставлены кордоны, и посланный Іосифа не могъ попасть туда. Тогда послѣдній въ 1507 г. обратился со своей просьбой къ Василію III, который, посовѣтовавшись съ митрополитомъ и освященнымъ соборомъ, исполнилъ таковую, давъ обѣщаніе испросить ему прощеніе у архіепископа. Іерархически Іосифъ продолжалъ оставаться въ подчиненіи у владыки Серапіона. Вел. князь забылъ свое обѣщаніе предстательствовать за Іосифа передъ новгородскимъ владыкой. Кн. Ѳеодоръ сумѣлъ настроить Серапіона противъ волоколамскаго игумена. Архіепископъ черезъ два года (1509) произнесъ на него неблагословеніе и отлученіе. Монахи умоляли игумена просить прощенія у владыки Серапіона, но тотъ имъ отвѣтствовалъ, что архіепископъ или епископъ “аще отлучитъ не по правиломъ, самъ да отлученъ есть”. Прождавъ нѣкоторое время, Іосифъ послалъ жалобу на архіепископа вел. князю и митрополиту. Василій Іоанновичъ призналъ поступокъ владыки Серапіона тяжкимъ оскорбленіемъ, ему лично нанесеннымъ. По распоряженію государя созванъ былъ митрополитомъ соборъ, на который долженъ былъ прибыть новгородскій владыка. “Серапіонъ ничего не могъ отвѣчать о причинѣ наложеннаго имъ отлученія, кромѣ того, смѣло выражавшаго его взглядъ на архіерейскую власть, что — “азъ въ своемъ чернцѣ воленъ вязати и разрѣшати”; вмѣстѣ съ симъ и по отношенію къ великому князю онъ поступилъ не такъ, чтобы смиренно просить прощенія, а чтобы отвѣчать со стойкостью, доходившей до дерзости — и съ нимъ было поступлено безъ милосердія: за вину противъ Іосифа, а главнымъ образомъ за ту вину, что онъ дерзнулъ возстать противъ приговора великаго князя, взявшаго монастырь послѣдняго въ свою власть, тогда какъ “царское сужденіе суду не подлежитъ и не пересужается”, митрополитъ съ соборомъ епископовъ произнесъ ему приговоръ: на основаніи 134-го правила Карѳагенскаго собора, которое говоритъ, что “необличеннаго о грѣсѣ общенія лишивъ епископъ лишенъ и самъ общенія къ другимъ”, низвести его съ каѳедры, лишить архіерейства и предать отлученію” (Голубинскій).
По постановленію собора св. Серапіонъ, лишенный сана, былъ посланъ на покаяніе въ Андрониковъ монастырь (скончался 16 марта 1516 въ Троицкомъ мон.). Соборъ разрѣшилъ пр. Іосифа отъ несправедливо возложеннаго на него отлученія.
Извѣстны два учительныхъ посланія митр. Симона въ Великую Пермь. Онъ увѣщаетъ игуменовъ и священниковъ надлежаще исполнять свои пастырскія обязанности. Во второмъ посланіи — къ паствѣ — онъ призываетъ пермичей кумирамъ не служить, соблюдать посты, браковъ по ветхому и татарскому обычаю не совершать (жена умершаго брата переходила послѣ него ко второму брату, послѣ того къ третьему), женщинамъ не ходить съ непокрытыми головами.
Митр. Симонъ совершилъ 4 февр. 1498 г. въ Успенскомъ соборѣ
Черезъ три мѣсяца послѣ этого, по желанію вел. кн. Василія III, былъ возведенъ на митрополичій дворъ и нареченъ митрополитомъ архимандритъ Симонова мон.