“Самоотверженная просвѣтительная дѣятельность духовенства не нашла однако сочувствія въ странной русской “интеллигенціи” 1860-хъ годовъ. Печать заподозрила самое существованіе этихъ десятковъ тысячъ неожиданно возникшихъ школъ и горячо затолковала и о невѣжествѣ духовенства, и объ отсталости его методовъ обученія, и объ узкости самой программы этого обученія (т. е. православно-религіозной) и проч. Въ министерствѣ же народнаго просвѣщенія поднялся вопросъ о подчиненіи всѣхъ народныхъ школъ министерскому вѣдомству. Въ 1862 г. состоялось Высочайшее повелѣніе: приходскія школы оставить въ вѣдомствѣ духовенства, а министерству вѣдать школы, какія оно откроетъ само; но такое рѣшеніе вопроса министерство не удовлетворило. Открывая свои школы, оно старалось войти въ трудъ духовенства, присоединяя и его школы къ своимъ. Въ этомъ помогали ему и его денежныя средства, изъ которыхъ оно помогало только тѣмъ приходскимъ школамъ, которыя присоединялись къ министерскимъ, и его чиновники, начиная съ попечителей округовъ, и мировые посредники, — все люди новыхъ убѣжденій, которые нерѣдко прямо запрещали сельскимъ обществамъ составлять приговоры объ открытіи новыхъ приходскихъ школъ и собирать на нихъ деньги. Въ 1864 г. противъ школъ духовенства встали вновь открытыя земства, мечтавшія объ устройствѣ народныхъ школъ по европейскимъ образцамъ, съ новымъ не религіознымъ, а “культурнымъ” направленіемъ, съ новыми методами и новыми учителями, для приготовленія которыхъ предполагалось завести особыя учительскія семинаріи и институты. Высказывая всяческое недовольство школьною дѣятельностью духовенства, въ трудъ его стали входить и земства; приходскія школы одна за другой были присоединяемы къ числу земскихъ, часто по желанію даже самого духовенства, которое видѣло въ этомъ единственный способъ доставить имъ хоть какую нибудь матеріальную поддержку. Число подвѣдомственныхъ духовенству школъ начало поэтому весьма быстро сокращаться; въ началѣ 1880-хъ г. ихъ осталось до 4000 съ небольшимъ. Въ 1864 г. для объединенія просвѣтительной дѣятельности всѣхъ народныхъ школъ учреждены губернскіе и уѣздные училищные совѣты изъ представителей вѣдомствъ и земствъ подъ предсѣдательствомъ архіереевъ, но церковно-приходскія школы не получили поддержки и отъ этихъ совѣтовъ, такъ какъ число разныхъ руководителей народнаго образованія, не сочувствовавшихъ дѣятельности духовенства, оказалось въ нихъ преобладающимъ. Не нашли онѣ такой поддержки и среди большинства вновь назначенныхъ чиновниковъ министерства, инспекторовъ (съ 1869 г.) и директоровъ (съ 1874 г.) народныхъ школъ. Все это не могло не отозваться дурно на усердіи къ школьному дѣлу и самого духовенства. Въ министерскихъ и земскихъ школахъ оно очутилось въ зависимости отъ свѣтскихъ лицъ, предпочитавшихъ ему своихъ свѣтскихъ учителей, въ обидномъ пренебреженіи и безъ помощи. Многія земства не желали оплачивать даже законоучительскій трудъ священниковъ, ставя этотъ трудъ въ число обязанностей самого пастырскаго званія, другія назначали за него поурочную плату и притомъ подъ контролемъ свѣтскихъ учителей школъ, третьи опредѣляли вознагражденіе въ формѣ только наградъ лучшимъ законоучителямъ, — всѣ вообще съ своей культурной точки зрѣнія считали нужнымъ до минимума сокращать уроки по Закону Божію на томъ основаніи, что это предметъ спеціальный и что крестьянскія дѣти готовятся не во дьячки. Не мудрено, что духовенство не только перестало открывать новыя школы, но стало уклоняться даже отъ законоучительства въ свѣтскихъ школахъ. Съ 1871 г. Св. Сѵнодъ вынужденъ былъ дозволить замѣщеніе законоучительскихъ вакансій свѣтскими лицами. Наконецъ, въ 1874 г. и сами архіереи были отстранены отъ предсѣдательства въ училищныхъ совѣтахъ; на мѣсто ихъ предсѣдателями стали назначаться предводители дворянства; духовенству же въ губернскихъ и уѣздныхъ училищныхъ совѣтахъ предоставлено имѣть только по одному депутату.”
“Духовное вѣдомство употребляло съ своей стороны разнообразныя мѣры къ удержанію за собой вліянія на народное образованіе, но при указанныхъ обстоятельствахъ всѣ эти мѣры оказывались безуспѣшными. Сюда относятся: многочисленныя распоряженія преосвященныхъ о томъ, чтобы духовенство не переставало заводить приходскихъ школъ и не бросало законоучительства въ свѣтскихъ школахъ, введеніе въ курсъ семинарій педагогики и учрежденіе при нихъ образцовыхъ школъ, учрежденіе при церквахъ псаломщиковъ изъ кончившихъ курсъ семинаристовъ, съ порученіемъ имъ преподаванія въ приходскихъ школахъ. Живая связь между церковью и народной школой видимо слабѣла ” (Знаменскій).
Нѣкоторое улучшеніе имѣло мѣсто, когда должности министра народнаго просвѣщенія и оберъ-прокурора Сѵнода были совмѣщены въ лицѣ праваго