Лѣтомъ 1353 г. еп. Алексій отправился въ Константинополь для поставленія въ митрополиты. Онъ прожилъ тамъ на испытаніи въ продолженіе цѣлаго года. Императоръ и патріархъ не съ охотой согласились на поставленіе митрополитомъ русскаго и испытывали его, въ частности, въ отношеніе подчиненія патріарху. Въ іюнѣ 1354 г. онъ былъ возведенъ патр. Филоѳеемъ въ митрополиты кіевскіе и всея Россіи. Въ соборномъ постановленіи сказано, что м. Алексій долженъ являться къ патріарху каждые два года. Этимъ подчеркивалось желаніе патріарха имѣть постоянныя доказательства его подчиненія. Въ крайности ему разрѣшалось присылать на соборъ одного изъ своихъ клириковъ. Извѣстно, что м. Алексій, за время своего 24-лѣтняго пребыванія на каѳедрѣ, былъ потомъ въ Константинополѣ одинъ разъ. Новому митрополиту пришлось въ Константинополѣ добиваться принятія патріархомъ мѣръ противъ Ѳеодорита, продолжавшаго, несмотря на патріаршее распоряженіе, править въ Кіевѣ. Съ этимъ званіемъ онъ обосновался въ Кіевѣ. Ѳеодоритъ вновь былъ признанъ патріархомъ незаконнымъ. Вмѣстѣ съ тѣмъ соборнымъ опредѣленіемъ патріарха утверждалось переселеніе митрополитовъ всея Россіи изъ Кіева во Владиміръ. Грамата патріарха 1354 г. начиналась такъ: “Святѣйшая митрополія россійская въ числѣ прочихъ городовъ и областей, принадлежащихъ къ ея округу, имѣла и находящійся въ малой Россіи городъ, именуемый Кіевомъ, въ которомъ издревле была каѳолическая Церковь митрополіи. Извѣстно, что и архіереи россійскіе имѣли въ немъ свое пребываніе. Но, по смутамъ и тревогамъ настоящаго времени и страшнымъ нападеніямъ сосѣдственныхъ Аламановъ, онъ разоренъ и подвергся бѣдственному состоянію...”. Отмѣчалось, вызванное этимъ, переселеніе въ “епископію владимірскую” митр. Ѳеогноста и прежде него другихъ двухъ митрополитовъ, продолжавшихъ считаться кіевскими, оказывая этимъ Кіеву предпочтеніе. Патріархъ повелѣлъ митрополиту Алексію пребывать во Владимірѣ и имѣть сей городъ “своею каѳедрою неотъемлемо и неизмѣнно навсегда”. “Но”, говорилось далѣе, “пусть и Кіевъ числится собственнымъ ихъ престоломъ и первою каѳедрою архіерея, если останется цѣлымъ”.
Митрополиту Алексію пришлось испытать и другое огорченіе. По просьбѣ вел. кн. литовскаго Ольгерда патріархъ поставилъ митрополитомъ