Искусный и тонкий политик, она не сразу обнаружила своих намерений по отношению к Церкви. Через две недели по ее воцарении Сенат издал постановление о возвращении епархиальным домам, монастырям и церковным причтам принадлежавших им ранее земельных владений. Но радость духовенства по этому поводу оказалась преждевременной. Прошло еще три недели, и вышел манифест, в котором объявлялось намерение правительства заново рассмотреть вопрос о церковных вотчинах: «Не имеем мы намерения и желания присвоить себе церковные имения, только имеем данную нам от Бога власть предписывать законы о лучшем оных употреблении на славу Божию и пользу Отечества. И для того под покровительством Божиим намерены мы в совершенство привести учреждение всего духовного штата, сходственно с узаконениями церковными, которым следовал и вселюбезнейший дед наш государь император Петр Великий, учредя на то особливую из духовных и светских персон под собственным нашим ведением комиссию».
В Комиссию вошли президент Синода преосвященный Дмитрий (Сеченов), возведенный в сан митрополита, архиепископ Санкт-Петербургский Гавриил (Кременецкий), епископ Переяславский Сильвестр, а также обер-прокурор князь А. Козловский, князь А. Б. Куракин, князь С. Гагарин, граф И. И. Воронцов, и Г. Теплов. Результатом работ этой комиссии явился знаменитый Церковный Указ о церковных владениях, изданный 26 февраля 1764 года, которым проводилась последняя черта под многовековым спором о монастырских вотчинах.
Указ окончательно упразднял церковное землевладение в России. Все церковные имения передавались Коллегии экономии, и церковные учреждения совершенно устранялись от управления ими. Часть средств, поступавших от секуляризованных имений, после ряда сокращений всего лишь 1/7, Коллегия экономии должна была выдавать на содержание епархиальных кафедр, монастырей и приходских причтов. Остальное шло на государственные нужды. Епархии разделялись на три класса, и содержание их назначалось в зависимости от класса. Для монастырей вводились так называемые «штаты». Большая часть обителей оказалась за рамками штатов, и, как правило, такие монастыри упразднялись.
Указ о секуляризации церковных владений явился страшным ударом по монастырям и монашеству. Изъятие церковных имений в казну проводилось под предлогом лучшего устроения церковных дел и государственной пользы. На деле же эта реформа не только не влекла за собой разорение церковной жизни, она не принесла большей выгоды государственной казне, ибо значительная часть секуляризованных имений роздана была фаворитам императрицы. Ревностные архиереи, монахи и клирики, благочестивые миряне с сердечной болью переживали страшное разорение монастырей. Но мало кто решился на открытое возражение.
Резкий протест выразил митрополит Ростовский
Единомышленник святителей Стефана (Яворского) и архиепископа Феофилакта (Лопатинского), он защищал православную веру от западного религиозного влияния. Возражая на «Молоток» Феофана, он давал апологетическую биографию своего учителя митрополита Стефана. С горечью обращался он в «Возражении» к Феофану; «Ты, не нашея веры и Церкви человек, сделался Церкви нашея указчик или уставщик». Утешение он находил, однако в том, что «хотя и Синод вместо Патриарха у нас имеется, однако тебе, врагу и сопернику Церкви нашея, выторжка не обретается, понеже по твоему хотению не сделалося, дабы, как ваш регент, так и пасторы ваши в Синоде присутствовали. Но как прежде Патриарх Российский, так и ныне Синод в той же Церкви Божиею милостию состоит, в которой четверо престольные Патриархи православно-восточные начальствуют».
В 1734 году иеромонах Арсений отправился духовником с морской экспедицией на Камчатку. После этого он несколько лет служил экзаменатором ставленников в Петербурге. В 1741 году совершенно неожиданно его хиротонисали в митрополита Тобольского. Присягая возведенному на престол младенцу Иоанну VI, святитель отказался давать присягу его матери-регентше, которая оставалась лютеранкой. Новый переворот спас бесстрашного архиерея от расправы. Митрополит Арсений был переведен на древнюю Ростовскую кафедру, он участвовал в коронации Елизаветы и был введен в Синод, но в связи с отказом от присяги по установленной при Петре форме его отослали из Петербурга на кафедру в Ростов.
Опекая семинарию, устроенную в Ростове при святителе Димитрии, митрополит показал себя противником царившей в семинариях латинской схоластики. Он писал: «Школы при архиереях не иные нужны, только русские; понеже в церквах у нас не по латыни, ниже другими иностранными языками читается и поется, и служба Божия совершается по-русски».