После секуляризации церковных земель и расправы над митрополитом Арсением правительство стало относиться к Церкви с бесцеремонностью, которая заставляла вспомнить о временах бироновщины. Обер-прокурором в Синод назначен был И. И. М
В 1768 году Мелиссино был уволен с поста обер-прокурора. Его заменил П. П. Ч
Большим авторитетом зато пользовался духовник Екатерины протоиерей Иоанн Памфилов. По существу это был один из временщиков. Своё влияние он часто использовал для заступничества за белое духовенство против архиереев и монашествующих, которых сильно недолюбливал. Духовник царицы первым из протоиереев был награжден митрой, что воспринято было иерархией что воспринято было иерархией как унижение архиерейского сана.
В царствование Екатерины II окончательно рушится прежняя монополия малороссийского монашества на занятие архиерейских кафедр. События церковной жизни убедили правительство в том, что малороссы проявляют больше упорства, меньше гибкости и уступчивости. Епископы из великороссов ближе к сердцу принимали государственные интересы России, они проявляли больше терпения и смирения в отношениях с правительством и потому не вызывали у власти особых опасений. А главное, с расцветом Московской Академии, с подъемом уровня образования в семинариях отпала нужда в подборе ставленников на архиерейство исключительно из числа киевских «академиков».
Уже при Елизавете на первенствующее место в российской иерархии выдвинулся архиепископ Новгородский Димитрий (Сеченов), который сразу по воцарении Екатерины возведен был в сан митрополита. Впоследствии виднейшими иерархами стали митрополит
За время царствования Екатерины II в связи с расширением пределов империи и приведением епархиального деления в соответствие с административным делением страны по губерниям число епархий Русской Церкви увеличилось до 36
. Значительно выросло за эти годы и православное население России.Французская революция, начавшаяся в 1789 году и приведшая к казни королевской четы, заставила императрицу заново продумать вопрос о влиянии просветительских, деистских и вольтерианских идей, которыми охотно кокетничала она до тех пор, на общественную и политическую жизнь. Напуганная грязными европейскими событиями, Екатерина приняла решение: «Закроем высокоумные наши книги и примемся за букварь». Последовал ряд действенных мер против масонства, против всех вообще тайных обществ, против бесконтрольного ввоза книг из Франции. Но одними запретами и ограничилась реакция правительства на противохристианский дух новейшей европейской философии, который до революции почти насаждался в высшем обществе, а теперь был признан опасным и подрывным. Более глубоких перемен не последовало. В душе Екатерина по-прежнему оставалась далекой от православия.
В 1796 году Екатерина II скончалась. Престол перешел к ее сыну