Настоятелем он был твердым и строгим, в наставлениях нарочитое имел искусство, в рассуждениях был остр и пространен. Много трудов он положил на введение в обители уставного Богослужения. На службы в обители отводилось: в будние дни до 9 часов, а в воскресные и полиелейные - до 10 и 12. Настоятель строго требовал внятного чтения во время Богослужения. Он говорил: «Если, по слову апостола, в воинских полках труба будет издавать неопределенный звук, кто станет готовиться к сражению. Так и мы скорочтением будем только воздух церковный наполнять, а силы внутреннего смысла читаемого не поймем. Души наши останутся голодными духовно, без назидания. Не чтение слова Божия, а внутренняя сила и дух оного, понимаемые нами, служат нам ко спасению».
Иеромонах Феодор ввел в пустыни старчество, предполагавшее полное откровение помыслов иноками настоятелю. Всякий монах, когда его смущали и тревожили помыслы, мог прийти к нему в любое время дня и ночи; старец выслушивал инока, часами беседовал с ним, и когда отпускал его от себя, тот чувствовал на душе свободу и тишину.
Жизнь в обители была крайне суровой. Вкушать пищу дозволялось только за трапезой. В свою келию можно было брать только квас. Пирогов и белого хлеба не давали и на Пасху.
На монастырские послушания - на покос, на рыбную ловлю выходила вся братия во главе с настоятелем. Келейник митрополита Гавриила Феофан Новоезерский, в юности подвизавшийся в
В 1764 году, с введением монастырских штатов, Санаксарская пустынь подлежала упразднению, но по просьбе настоятеля обитель была сохранена. В конце жизненного пути на долю старца выпали неповинные страдания и гонения. Однажды он в присутственном месте укорил Темниковского воеводу Неелова, который сам пожелал раньше поступить под его духовное руководство, а потом стал пренебрегать своего духовника советами, в жестоких притеснениях граждан. Неелов подал жалобу на своего духовного отца. И Синод перевел старца в Соловецкий монастырь.
Северный климат оказался тяжелым для него, он постоянно болел. Девять лет провел старец на Соловках, и возвращен был оттуда в Санаксар по ходатайству отца Феофана Новоезерского. Но и в Санаксаре его притесняли. Только за неделю до кончины старцу Феодору дозволили самому посетить Арзамасскую Алексеевскую общину, в которой спасались его духовные дочери, приехавшие с ним из Петербурга. Преставился многострадальный старец 19 февраля 1791 года.
Расцвет аскетического подвижничества в русских монастырях в конце ХVIII века связан с возрождением старчества. В этом благодатном делании особенно потрудился возобновитель традиций древнего иночества великий старец схиархимандрит
Но и из этой обители ему пришлось уйти, когда начались гонения со стороны униатов. Монастырские церкви были закрыты, а монахи изгнаны. Инок Платон вернулся в Киев и поступил в Лавру под руководство своего прежнего духовника иеросхимонаха Пахомия. Он нес послушание в лаврской типографии, занимался гравированием икон на меди. Но его не оставляла давняя мечта о пустынножительстве.
И вот однажды вместе с двумя другими монахами инок Платон отправился на юг, в надежде дойти до Святой Горы. Путь на Афон лежал через Молдавию, где отшельники задержались в скиту святителя Николая вблизи Трейслина, и только через три года Платон, по благословению настоятеля, отправился дальше - на Святую Гору. На Афоне он получил уединенную келию вблизи Лавры преподобного Афанасия. В ней он совершал подвиг безмолвия и непрестанного творения Иисусовой молитвы.
Когда из Молдавии на Афон прибыл его бывший старец иеромонах Василий, он по настоятельной просьбе своего ученика постриг его в мантию с именем Паисий и дал ему совет - переселиться в общежительный монастырь, ибо пустынножительство хорошо для опытных монахов, искушенных в духовной брани.