Но эпоха бироновщины подвергла монастыри небывало тяжким испытаниям. Указом 1734 года за постриг монаха в обход закона, а по закону разрешалось постригать только вдовых священников, на епархиального архиерея налагался штраф в 500 рублей, (по тем временам совершенно разорительная сумма), настоятель монастыря, в котором состоялся недозволенный постриг, осуждался на пожизненную ссылку, а сам новопостриженный инок лишался монашеского звания и подвергался телесному наказанию. На настоятелей возлагалась обязанность доносить в Синод о малейших проступках насельников. Виновных монахов либо отдавали в солдаты, либо ссылали в сибирские рудники. Игумены и игуменьи то и дело вызывались в Петербург и там подвергались допросам в Тайной канцелярии. Тайная канцелярия проводила разборы монахов. Иноки, подозревавшиеся в политической неблагонадежности, а заподозрить можно было тогда кого угодно и по какому угодно поводу, изгонялись из обителей и ссылались на каторжные работы.
В результате этих гонений число монашествующих сократилось почти вдвое: в 1724 году в монастырях насчитывалось 25207 монахов и монахинь, а в конце эпохи бироновщины в них осталось лишь 14282 насельника. В 1740 году, после смерти царицы Анны, Синод докладывал регентше, что одни монастыри стоят совсем пустые, а в других остались только дряхлые старики и некому совершать богослужение, что множество настоятелей взято под стражу и управление монастырское в плачевном состоянии, что вся жизнь монастырей в крайнем расстройстве.
И только в царствование Елизаветы с монастырей снята была правительственная опала. Прекратились разборы монахов. Возобновились постриги юных иноков. В 1749 году вышел указ, по которому семинаристам постриг разрешался с 17 лет, а в 1761 году было дозволено свободно постригать выходцев из всех сословий. Монастырям возвратили их вотчины. На средства казны восстановили две древние северные обители, пришедшие при Анне в полный упадок - Валаамскую и Коневскую. Троице-Сергиев монастырь, который пользовался особым почитанием царицы, в 1744 году был возведен на степень лавры. Елизавета дарила лавре щедрые пожертвования. Денежная помощь из средств государственной казны оказывалась и другим монастырям.
Чрезвычайно важным рубежом в истории монастырей явилась секуляризация церковных вотчин, проведенная в 1764 году. Передача земельных владений Церкви в государственную казну лишила монастыри главного материального источника существования. Государство, правда, брало на себя обязательство содержать монастыри из части доходов, которые поступали от секуляризованной земли. Были составлены монастырские штаты, по которым все монастыри разделялись на три класса, и содержание каждому назначалось в зависимости от класса, к которому он причислялся.
К первому классу были отнесены две Лавры: Троице-Сергиева и Александро-Невская, 15 мужских и 4 женских монастыря, ко второму - 41 мужской и 18 женских обителей, к третьему - 100 мужских и 45 женских монастырей. Таким образом, в штаты вошло 225 монастырей - менее четверти всех обителей, находившихся в великорусских епархиях, где проводилась секуляризация. Из монастырей, оставшееся за рамками штатов, более 500 было упразднено, приблизительно 150 обителей не закрывались, но должны были существовать на приношения верующего народа и за счет маленьких участков ненаселенной земли, которая обрабатывалась руками самих иноков.
В 1780 году такая же реформа была проведена в юго-западных епархиях. Закрылось еще более 40 монастырей.
Число монашествующих сократилось с 12 до 5 тысяч. Закрылись древние и прославленные обители - Нило-Сорская пустынь и Спасо-Каменный монастырь - на севере; Киево-Братский, Межигорский, Дивногорский и Святогорский монастыри - на юге. Закрытые монастыри обращались в казармы, госпитали и даже в дома сумасшедших. Дом сумасшедших был устроен в помещениях Максаковского монастыря в Черниговщине. В Симоновом монастыре целый год располагались казармы.
Суммы, выдававшиеся штатным монастырям из казны, были крайне скудными. Их едва хватало на содержание братии. Монастырские храмы, братские келии, хозяйственные постройки из года в год ветшали и разрушались, а настоятели не решались доносить об этом Синоду из-за опасений, что монастырь в этом случае будет и вовсе упразднен.
При императоре Павле содержание штатных монастырей было удвоено, но и денежный курс к тому времени упал в два раза в сравнении с 1764 годом, когда вводились монастырские штаты. Из государственной казны стали тогда выдавать содержание и заштатным монастырям - по 300 рублей в год. Монастырям было дозволено увеличить принадлежавшие им незаселенные земельные участки, отведенные под огороды, покосы и выгоны.