В правление Екатерины II в школьном деле происходили важные перемены. В Семинариях было поколеблено господство латинского языка: больше внимания стали уделять преподаванию греческого, древнееврейского и новых языков. Расширился круг общеобразовательных дисциплин, вышедший за пределы классических тривиума и квадривиума: в учебные планы стали включать географию, историю, физику. Во всех семинариях были открыты высшие философский и богословский классы.
До середины ХVIII века богословие и философия преподавались в семинариях киевскими учителями, и в традициях Киевской Академии. Богословие изучали по конспектам Иоасафа (Кроковского), в которых сказывалось влияние Фомы Аквината и Беллармина. Философия преподавалась по польским учебникам, где все строилось на системе Аристотеля. Во второй половине века в преподавании философии произошел поворот от Аристотеля к новейшим немецким мыслителям Лейбницу и Вольфу. В богословских курсах католические влияния сменились засилием новой протестантствующей схоластики. Образцом для преподавателей стали служить киевские лекции Феофана (Прокоповича). В семинариях пользовались также компиляциями и конспектами, составленными по системам Буддея, Гергарда и других протестантских теологов. Георгий (Конисский) и Гавриил (Петров), впоследствии видные архипастыри, читали богословие в строго православном духе, но их лекции не были напечатаны и на первых порах не оказали заметного влияния на семинарское преподавание.
Для подготовки широко образованных учителей архиереи посылали семинаристов слушать лекции в открывшемся в 1755 году Московском университете. В 1788 году митрополит Гавриил преобразовал Невскую семинарию в Главную семинарию, которая стала готовить преподавателей для других Духовных школ. В Московской Академии и Троицкой Семинарии благодаря участию митрополита Платона уровень образования поднят был выше уровня Киевской Академии.
С усилением влияния ученых монахов великорусского происхождения было связано смягчение нравов в семинариях, новые ректоры и наставники стали поговаривать об отмене телесных наказаний. Во всяком случае применялись они реже прежнего. Улучшилось обеспечение семинарий. В 1784 году были введены новые и постоянные оклады для семинарий, хотя они по-прежнему оставались недостаточными. Ректорский оклад составлял тогда 300 рублей в год, учительские - от 30 до 150 рублей, а на содержание студентов Академии полагалось от 7 до 15 рублей.
Существенным недостатком духовного образования было отсутствие общей системы, единого руководства. Каждая семинария зависела исключительно от своего епархиального архиерея. Академии отличались от семинарий не столько учебными программами, сколько уровнем образования. Так же, как и семинарии, они включали все классы, начиная с низших.
Академии и семинарии были не только школами, в которых готовили пастырей, но и очагами богословской науки. Важнейшей богословской работой ХVIII века явилось исправление и новое издание славянской Библии, которое было исполнено научными силами Духовных школ. До середины столетия в употреблении было московское издание 1663 года, перепечатанное с Острожской Библии и ставшее большой редкостью. Мысль о переиздании новой исправленной славянской Библии принадлежала митрополиту Новгородскому Иову, который сам собирался приняться за этот великий труд.
В 1712 году Петр I поручил исправление Библии Ректору Московской Академии архимандриту
В 1735 году Синод постановил перенести печатание Библии из Москвы в Петербург, под смотрение архиепископа Феофана. Одновременно велено было заново пересмотреть труд прежних справщиков. В Петербурге исправлением славянской Библии занимался архимандрит Стефан (Калиновский), но с возведением его в сан епископа Псковского редакторская работа опять застопорилась.