Для борьбы с инославными влияниями, с ересями и сектами устрожалась духовная цензура, и эти цензурные строгости были направлены против всякого проявления живой богословской мысли. Напуганные разгулом «оккультного» мистицизма, ревнители «обратного хода» с опасливым недоверием стали относиться и к аскетическому мистицизму, к творениям святых отцов Макария Великого и Исаака Сирина и, по словам митрополита Филарета, «умная сердечная молитва» оказалась «уничтожена и осмеяна как зараза и пагуба». Цензура не пропускала в печать богословских сочинений А. С. Хомякова. Под подозрением оказалось даже православие митрополита Филарета, который метко охарактеризовал возобладавший тогда дух пугливого недоверия к богословию словами «дым ест глаза, а они говорят -
так едок солнечный свет».При Николае I усилился обер-прокурорский надзор за ходом церковных дел. Обер-прокурор получил министерские полномочия. Несмотря на подозрительное отношение Николаевского двора к деятелям Александровского царствования, связанным с масонскими кругами, в 1833 году обер-прокурором вместо князя П. С. Мещерского был назначен тайный масон С. Д. Н
Преемником Нечаева стал граф Н. А. П
Протасов хотел сделать государство строго конфессиональным и отрицательно относился к политике широкой веротерпимости, проводившейся при Екатерине II и Александре I. Но на Церковь он смотрел, прежде всего, с точки зрения государственного интереса, государственной пользы, видел в ней одну из опор правительства, и в этом был верным продолжателем линии Петра I и архиепископа Феофана.
От своего покровителя Николая I Протасов усвоил убеждение во всесильных возможностях канцелярского способа управления и во всемогуществе приказа свыше. Исполненный энергии, он свою деятельность в кресле обер-прокурора начал с преобразования канцелярской части - увеличил число чиновников, повысил их ранги, разделил свою канцелярию на департаменты с директорами и обер-секретарями, «усовершенствовал» бумажное делопроизводство до такой степени, что чиновники, сидевшие за соседними столами, вели переписку между собой через экспедицию. Протасов скоро подчинил себе учреждения, находившиеся прежде в ведении Синода -
Духовно-учебное управление, преобразованное из Комиссии духовных училищ, подведомственной Синоду, счетную часть Синода, которую он преобразовал в Хозяйственный комитет.С членами Синода граф Протасов обращался заносчиво, грубо, позволяя себе кричать на них и даже пытался по-военному командовать ими. При этом он однако заботился о престиже Святейшего Синода и не позволял главам смежных министерств вмешиваться в церковные дела. Считая Русскую Православную Церковь своим ведомством, Протасов брал на себя инициативу в решении чисто церковных дел и даже вопросов богословского характера.
В конце 1830-х годов он поднял вопрос об исправлении «Катехизиса» митрополита Филарета, в котором усмотрел протестантский оттенок, заключавшийся будто бы в отсутствии 9 церковных заповедей, заимствованных митрополитом Петром Могилой в «Православное Исповедание» из католических катехизисов. «Православное Исповедание» Протасов ставил так высоко, что ввел обязательное изучение его во всех Семинариях и настаивал на том, чтобы оно было объявлено «символической книгой».
Обер-прокурор решительно возражал против перевода Библии на русский язык и предлагал Синоду объявить славянский перевод каноническим, подобно тому, как Вульгата является канонической книгой для католической церкви. Этому намерению воспротивился Московский митрополит Филарет. Предложение Протасова было отвергнуто Синодом, но вскоре после этой неудачи, в 1842 году Протасов добился удаления из Синода в свои епархии Филарета, митрополита Московского, и Киевского митрополита Филарета (Амфитеатрова).