С обоснованной критикой формализма и бюрократизма в синодальном и консисторском управлении выступил известный церковный ревнитель А. И. М
А. Н. Муравьев не помышлял ни об упразднении должности обер-прокурора, ни тем более об отмене самой синодальной системы управления. Он предлагал лишь ввести полномочия обер-прокурора в те рамки, в которых они держались до Голицына и Протасова и стремился к возвышению Первенствующего члена Синода. Муравьев выразил пожелание, чтобы Первенствующий член, «стоящий во главе Священного Синода, который поставлен во главе всей Российской Церкви, пользовался особым уважением всех архиереев, с некоторыми отеческими правами в отношении их. Если заметит он какие-либо беспорядки по епархиям, то пишет прямо от себя к архиереям, и каждый из них должен обращаться к нему за советом в затруднительных случаях… Первенствующий член сносится также и с патриархами восточными от лица Священного Синода. Таким образом, в лице его сосредоточится единство всей Российской Церкви и восстановится древний порядок, первенствующей Церкви Христовой». Не ставя вопрос о восстановлении Патриаршества, Муравьев стремился к тому, чтобы и в рамках синодального управления соблюдалось 34 Апостольское Правило о первом епископе в каждом народе.
С Муравьевым вполне согласны были митрополит Петербургский Григорий (Постников) и епископ Камчатский святитель Иннокентий (Вениаминов). Митрополит Московский Филарет сочувствовал критике Муравьева, но находил его замечания слишком торопливыми и не продуманными до конца. Мудрый святитель опасался проведения новой реформы сверху, руками светской власти. Ведь свои предначертания А. Н. Муравьев направил обер-прокурору графу А. П. Толстому и выразил мысль, что «один лишь обер-прокурор может вывести Церковь из того положения, в какое она поставлена, явив себя графом Протасовым в обратном смысле».
Митрополит Филарет, обращаясь к Муравьеву, писал: «Я возражаю не против сущности ваших замечаний на стеснительное положение синодального действования, но против неточности изложения, от которой могут произойти два неблагоприятных последствия -
первое, что могут сделать возражения против сей неточности, и все ваше замечание окажется опровергнутым, второе, что неверно означенная неправильность может получить такое исправление, которое вновь будет неправильно и неудовлетворительно». По поводу сетований Муравьева на уничтожение Патриаршества Петром митрополит заметил: «Хорошо было бы не уничтожать Патриарха, и не колебать тем иерархию, но восстановлять Патриарха было бы не очень удобно, едва ли был бы он полезнее Синода. Если светская власть начала тяготеть над духовною, почему один Патриарх тверже вынес бы сию тягость, нежели Синод».В 1856 году, воспользовавшись приездом архиереев в Москву на коронацию Александра II, митрополит Филарет провел совещание российского епископата, которое в печати получило наименование
Митрополит Филарет высказывался в эти годы и по вопросу об участии представителей иерархии в деятельности Государственного Совета. Он находил неудобным для духовных лиц заседать в этом учреждении; как правило, епископов мало посвящали в дела, которые обсуждались в Совете, но соединенное с членством в нем безмолвное подписывание документов могло бы уронить их в общем, мнении. Вместо этого он считал целесообразным проводить в отдельных случаях совместные заседания Святейшего Синода и Государственного Совета для обсуждения вопросов, одинаково важных и для государства и для Церкви.
Осторожная и трезвая линия митрополита Филарета в отношениях с правительством исходила из его стремления оградить самостоятельность Церкви и достоинство епископата. Но он убежден был в том, что силы Русской Православной Церкви, подорванные Петровской реформой, недостаточны для решительного отпора светской власти.
После блаженной кончины митрополита Филарета в 1867 году Московскую кафедру занял известный миссионер святой Иннокентий, переведенный в столицу из далекой Камчатской епархии.