Была образована комиссия во главе с архиепископом Тверским Филофеем (впоследствии митрополитом Киевским). Работа этой комиссии оказалась бесплодной, но в 1870 году учрежден особый Комитет о преобразовании судебной части под председательством архиепископа Литовского Макария (Булгакова). В этот Комитет граф Толстой, с особой неприязнью относившийся к монашествующим, постарался включить лишь светских специалистов по церковным делам и лиц из белого духовенства -
ни одного епископа и монаха, кроме председателя. В 1873 году Комитет выработал проект реформы церковного суда, которым предполагалось перестроить его на тех же основаниях, на которых проведена была реформа светского судопроизводства. Проект исходил из той предпосылки, что не существует независимой от государства духовной юрисдикции, а судебные права принадлежат церковным учреждениям по полномочию от государственной власти.Проект вызвал единодушно резкую критику со стороны епископата, а архиепископ Волынский Агафангел ответил на него отзывом о незаконности и вреде обер-прокурорского надзора. В 60-70-е годы на усиление обер-прокурорского давления епископат реагировал более остро и смело, чем в Николаевскую эпоху. Инициатору судебной реформы пришлось отказаться от своего замысла.
В 1867 году в области епархиального управления было произведено важное преобразование -
отменялось разделение епархий на три класса, и титулы архиереев были обращены в их личное преимущество: без всякого отношения к достоинству епархии. С конца 60-х годов в жизнь Церкви вошло такое явление как регулярно проводившиеся епархиальные депутатские съезды, на которые собирались представители духовенства. На съездах обсуждались, главным образом, постановка дел в Семинариях, Духовных училищах и женских епархиальных училищах. Особое внимание съезды уделяли контролю над расходом средств, отпускавшихся на учебные заведения. Перед епархиальными съездами отчитывались и свечные заводы. В 1869 году повышены были консисторские оклады, что способствовало изживанию закоренелого зла подкупов и поборов.При Александре II открылось несколько новых епархий -
В 1865 году принято было половинчатое решение. Синод признал целесообразным открытие в каждой епархии викариатств, если содержание их могло быть обеспечено на епархиальные средства. Но права и обязанности викарных епископов не были определены достаточно четко. В некоторых епархиях викарные архиереи управляли частью приходов и имели местопребывание в тех городах, по названиям которых титуловались. В других епархиях в ведении викариев находились свечные заводы, женские монастыри, епархиальный суд, назначение псаломщиков. Особое положение было у епископов-ректоров Духовных Академии, вся деятельность которых сосредотачивалась на управлении вверенными их попечению школами.
Но увеличение епископата натолкнулось на серьезную кадровую проблему. Число ученых монахов, способных к архиерейскому служению, было весьма ограничено. И вот граф Толстой, известный своей неприязнью к «черному» духовенству, которое самим своим существованием символизировало неотмирную природу Церкви, пытался подготовить почву, чтобы поставить перед Синодом вопрос о введении «белого» епископата. Но это его противоканоничное намерение встретило решительный отпор. Первоприсутствующий в Синоде митрополит Исидор твердо заявил, что с «белыми архиереями» он общения иметь не станет.
Чтобы решить задачу, связанную с подбором подходящих кандидатов на занятие архиерейских кафедр, в 70-е годы стали чаще, чем прежде, хиротонисать принявших постриг вдовых священников. Как правило, такие архиереи, лучше знавшие приходскую жизнь, проявляли больше заботы о нуждах приходского духовенства. Из белого духовенства вышли святитель Иннокентий, митрополит Московский, епископ Астраханский Герасим (Добрадов), архиепископ Харьковский Амвросий (Ключарев), епископ Могилевский Виталий (Гречулевич).
В 60-70-е годы Русская Церковь упрочила свои вековые связи с Православным Востоком, в особенности с Константинопольским Патриархатом. Святейший Синод через Русское правительство постоянно прилагал усилия для защиты православных подданных Турции от произвола султанской власти.