В Западном Сибири к началу XIX века миссионерское дело пребывало в глубоком застое. Архиепископ Евгений (Казанцев) после назначения на Тобольскую кафедру в 1825 году писал: «Многие из крещеных инородцев о вере Христовой понятия не имеют, в церквах бывают очень редко, и дома даже молятся идолам, многие не знают самого имени Иисуса Христа и не умеют изобразить на себе креста; кроме того, оставалось еще громадное число неверующих, для обращения которых ничего не предпринято». Он обратился в Синод с ходатайством об учреждении двух миссий в Сибири. Синод утвердил его ходатайство. Одна из миссий была устроена на севере - в Обдорске в 1832 году, другая на Алтае в 1830 году.
Во главе Алтайской миссии был поставлен архимандрит
Из этой пустыни он и выехал в Сибирь и вскоре обосновался в горах Алтая в селении Улале, среди язычников-телеутов. Архимандрит Макарий со своими помощниками без устали разъезжал по селениям язычников, устраивал в них миссионерские станы, освящал церкви. При обращении туземцев миссионеры поступали с крайней тщательностью: они не гнались за числом обращенных, крестили не иначе, как после долгого научения вере; проповедники Евангелия воспитывали новокрещенных в христианском духе, обучали их русскому языку, заботились об устроении их быта, приучали кочевников к оседлой жизни, лечили больных и для этого завели больницу, устраивали школы.
Содержание миссии было скудным, и архимандрит Макарий отдавал ей все свое магистерское жалование. У себя на квартире он приютил и содержал сирот-мальчиков, а во время голода на Алтае ездил в Москву за помощью для голодавших. За 13 лет пребывания на Алтае ему и его помощникам удалось крестить 675 человек, казалось бы, совсем немного, но все обращенные действительно внутренне преобразились, стали убежденными христианами. Другой известный миссионер митрополит Макарий (Невский), подвизавшийся в Алтайской миссии во второй половине XIX века, писал о первоначальнике Миссии: «Архимандрит Макарий был муж высокопросвещенный не одной наукой, но и Божественной благодатью, которая проявлялась в нем иногда даром прозорливости. В нем явственно почил дух премудрости, дух разума, страха Божия и ревности о славе Божией».
В 1844 году из-за крайне расстроенного здоровья отец Макарий (Глухарев) удалился в Болховский монастырь Орловской епархии. Апостол Алтая скончался в 1848 году. Последние слова его были: «Свет Христов просвещает всех».
Архимандрит Макарий был замечательным писателем. Он переводил Священное Писание на русский язык; составил словарь алтайского наречия, перевел молитвы на это наречие. Он написал ценное пособие для миссионеров «Мысли о способах к успешнейшему распространению христианской веры между магометанами, евреями и язычниками в Российской державе». Архимандрит Макарий обладал незаурядным поэтическим талантом. Посмертно его духовные гимны были собраны в книгу с названием «Первая лепта». Эта книга вышла в Томске в 1901 году. Апостол Алтая оставил также замечательные путевые заметки и записки. Сохранились и его письма. Архимандрит Макарий (Глухарев) в лике преподобных включен в состав Собора Сибирских и Смоленских святых, память которых установлена в 80-х годах текущего столетия.
Преемником архимандрита Макария на Алтае стал протоиерей
Во второй половине XIX века в Миссии подвизался святитель