Прошло более года, как Неронов сослан был в отдаленную Кандалакшскую обитель. И хотя приказано было держать его там на цепи и не давать ему чернил, но он и оттуда в 1655 г. имел письменные сношения с царским духовником Вонифатьевым и с братьями Плещеевыми в Москве и прислал за своею рукою какие-то тетради архимандриту переславльского Данилова монастыря Тихону. Десятого же числа августа того же года Неронов бежал из своего заточения с тремя своими работниками и духовными детьми. На пути с честию был принят архимандритом Соловецкого монастыря Илиею и, снабженный всем потребным в дороге, отпущен на богомольной ладье. Не доезжая до Архангельска, вышел на берег и с одним из работников пешком отправился в Москву, куда и прибыл благополучно, между тем как два остальные работника, пошедшие другою дорогою, были задержаны в Холмогорах и заключены в темницу. В Москве Неронов остановился прямо у царского духовника Вонифатьева и много дней жил у него тайно от патриарха; виделся здесь с многими своими единомышленниками и сам посещал их дома. Вонифатьев доложил о приходе Неронова государю, и государь не только не сказал о том Никону, а еще послал грамоту в Холмогоры, чтобы освободили из темницы двух работников Неронова. Таким образом, Вонифатьев и царь, хотя по-видимому держали сторону Никона в деле исправления книг, но тайно покровительствовали и Неронову в его противодействиях Никону. В 25-й день декабря 1655 г., т.е. на самый праздник Рождества Христова, Неронов пострижен был в монашество архимандритом переславльского Данилова монастыря Тихоном в соборной монастырской церкви по совету и по собственноручной отписке государева духовника, протопопа Стефана, и наречен Григорием. После пострижения прожил еще сорок дней у протопопа Стефана в келье, у Благовещения Пресвятой Богородицы, что у государя на сенях. А потом, в начале февраля 1656 г., удалился на житье в Спасо-Ломовскую Игнатиеву пустынь, где погребены были его родители и куда нередко ездил он и в прежнее время. Между тем Никон, как только получил известие о побеге Неронова из Кандалакшского монастыря, повсюду разослал свои приказы и гонцов, чтобы схватить его, строго наказал игумена и иноков Кандалакшского монастыря и даже архимандрита Соловецкого монастыря Илию, но все наказания и поиски не привели ни к чему. Никон узнал о местопребывании Неронова, когда уже он, сделавшись иноком, поселился в Игнатиевой пустыни. Патриаршие боярские дети немедленно явились туда, чтобы взять беглеца, но он удалился в соседнюю весь Телепшино, где крестьяне скрыли его и не захотели выдать посланным от патриарха, несмотря на все их усилия, и даже оскорбили их. Тогда-то Никон решился созвать Собор в Москве, чтобы судить Неронова заочно. Собор состоялся 18 мая 1656 г., в воскресный день после Вознесенья. На Соборе вместе с патриархом Никоном присутствовал и Антиохийский патриарх Макарий - и это было уже последнее личное участие его в тогдашних Соборах наших, потому что чрез десять дней он уехал из Москвы на родину, щедро наделенный царем и нашим патриархом. Присутствовали также митрополиты: Никейский Григорий, Молдавский Гедеон, а из русских Новгородский Макарий, Казанский Корнилий, Ростовский Иона, архиепископы: Суздальский Иосиф, Тверской Лаврентий, Астраханский Иосиф, Псковский Макарий и епископ Коломенский Александр, также множество архимандритов, игуменов, протопопов, попов и дьяконов. Неронову вменили в вину то, что он: а) будучи сослан в монастырь, не испросил себе прощения у святого Собора, но бежал из монастыря и, обходя тайно разные места, возмущает не утвержденные в вере души; б) написал многое ложное о государе царе Алексее Михайловиче, о патриархе Никоне и о всех четырех Вселенских патриархах, отметаясь греческого православия, и укорил старые святые книги, писанные на хартиях за двести, триста, пятьсот и более лет; в) не испросив благословения и не примирившись с святою Церковию, постригся от своего единомысленника, архимандрита переславльского Данилова монастыря Тихона (это второе лицо из монашествующего духовенства, открыто присоединившееся к четырем протопопам, враждебным Никону). Вследствие всех означенных вин Собор судил отсечь Неронова с его единомысленниками от святой Церкви и постановил: "Иван Неронов, иже ныне в чернцах Григорий, и с своими единомысленники, иже не покоряющеся святому Собору, от Святыя Единосущныя Троицы и от св. Восточныя Церкве да будут проклята". И если Собор Московский 1656 г., начавшийся 23 апреля и закончившийся 2 июня, изрек анафему, как мы видели собственно на не повинующихся Церкви в сложении перстов для крестного знамения, то настоящий Собор изрек проклятие вообще на единомысленников Неронова как не покоряющихся Церкви во всем, в чем не покорялся Церкви Неронов и в чем доселе не покоряются его последователи, с этого Собора началось действительное отделение русских раскольников от православной Церкви, начался русский раскол.