В остальных своих просьбах митрополит касался самого себя и своей епархии. Он просил, чтобы архиепископство Галицкое, по старовечному обычаю, отдано было в его руки и справу: видно, викарий, епископ Львовский, совсем отбился от рук своего архипастыря. Король отложил это, как и дело об обмежевании церковных земель, до полного сейма. Митрополит жаловался королю на виленских граждан, что они забрали к себе грамоты, принадлежащие архиепископии, на пожалованные ей земли и фундуши, и просил, чтобы те грамоты по приказанию короля были у них отобраны. Король предложил митрополиту требовать от мещан те грамоты судебным порядком. Митрополит доносил, что в Новогрудке (его постоянной резиденции) пред тем было десять церквей, имевших стародавние наданья и фундуши, но при производившемся уволочном измерении земель все люди, и земли, и пожитки от тех церквей отобраны и взамен им ничего не дано, так что некоторые церкви опустели, а потому бил челом господарю, чтобы он велел из своих собственных, господарских земель новогрудских отвести для церквей двадцать уволок и в каждой уволоке по два морга сеножати да по два морга леса, а в городе дать попам и церковным служителям свободные домы и огороды. Король отвечал, чтобы ему представлена была точная ведомость, где и что взято и кто и когда взял, а потом он поступит по своему усмотрению.
Какие были последствия изложенных просьб митрополита, по крайней мере некоторых, и ответов короля - это начало обнаруживаться скоро. Король дал обещание митрополиту разослать грамоты о неприкосновенности духовных справ и судов и действительно исполнил. Одна из таких грамот сохранилась, именно данная луцкому и браславскому старосте князю Богушу Корецкому (23 декабря 1568 г.). Из нее прежде всего узнаем, по какому поводу митрополит просил об этом. Он написал к королю на гродненский сейм, что считает весьма нужным, по долгу своего пастырства объехать и обозреть все монастыри и церкви в своей архиепископии, увидеть, как служители Церкви исполняют каждый свои обязанности, устроить, где окажется нужным, чин и порядок в духовных справах и судах, а как сам он при множестве церковных дел не может быть везде, то намерен послать для того в разные места своих посланцев, для беспрепятственной деятельности которых и необходимы королевские грамоты. Изложив все это в грамоте к князю Корецкому, король приказывал ему, чтобы он во всем повете Браславском и Винницком ни сам не вступался ничем в справы и суды духовные и никого не допускал вступаться, чтобы всем архимандритам, игуменам, протопопам, десятинникам, попам и вообще всему духовенству и мирянам велел оказывать по духовным делам всякое послушание посланцам митрополита, и не только посланцам, но и его наместникам, и протопопам, и всем, кого они на то поставят, и чтобы оказывал всем этим лицам с своей стороны всякую помощь, когда они потребуют, и карал непослушных им и непокорных.
Король обещал митрополиту не давать духовных достоинств светским людям и отбирать у них эти достоинства через три месяца, если не согласятся принять духовного сана. Этого обещания король почти вовсе не исполнял. Знаем только, что он отнял виленский Троицкий монастырь у пана Федора Белькевича именно за его несогласие принять духовный сан и пожаловал (15 февраля 1569 г.) самому митрополиту Ионе во внимание к его вполне ревностному пастырскому служению. Но с другой стороны, знаем, что еще в 1568 г. король дал Пинскую и Туровскую епархию пану Андрею Русину-Берестецкому, который и правил ею до самой своей кончины, около половины 1572 г., оставаясь светским паном и нося имя нареченного владыки Пинского и Туровского. Знаем также, что у пана Ивана Борзобогатого-Красенского, который еще с 1567 г. занимал кафедру Луцкую и Острожскую, король не только не отнимал епархии, но, кроме того, пожаловал ему (26 декабря 1569 г.) в пожизненное владение ради его верных заслуг господарю и Речи Посполитой с молодых лет Жидичинский монастырь со всеми селами, фольварками, дворами и доходами. Митрополиту оставалось действовать против этого пана только своими духовными мерами. Несколько раз первосвятитель напоминал ему и убеждал его принять епископский сан, но Красенский не обращал на то никакого внимания. Наконец в октябре 1570 г. митрополит послал пану свою "неблагословенную грамоту", изобразив в ней подробно его непослушание Церкви и высшей церковной власти, и вместе с тем объявил своим окружным посланием всем князьям, боярам и обывателям земли Волынской и всему духовенству Луцкой и Острожской епархий, что нареченного владыку Луцкого и Острожского, пана Ивана Борзобогатого, он, митрополит, "не благословил". После этого только Красенский увидел необходимость согласиться на принятие духовного сана и был посвящен (1571) во епископа, под именем Ионы.