Заботился митрополит Иона о виленских церквах, и в частности о своем кафедральном Пречистенском соборе, а также о своем Троицком монастыре и других своих владениях. Некоторые из виленских бурмистров, радцев, лавников и мещан русской веры еще при митрополите Сильвестре, неизвестно по какому праву, забрали в свои руки имущества виленских церквей, Пречистенской, Спасской и других, как-то: золото, серебро, драгоценные камни, перлы, а особенно церковные деньги; также места и домы в Вильне и капиталы, пожертвованные разными лицами на поддержание виленских церквей и при них госпиталей; наконец, даже те деньги, которые бросались в кружки и столпы при церквах, госпиталях и других местах города для пособия бедным. Забрали будто бы с тою целию, чтобы все хранить в целости, а иное употреблять на церкви и госпитали и на дела благотворительности; между тем употребляли только на самих себя, на свои пожитки и обороты. Иные из этих лиц уже умерли, не передав никому забранных церковных вещей и не оставив никакого отчета. Митрополит Иона донес о всем этом королю, и когда король поручил ему же самому расследовать дело во всех подробностях, то митрополит объяснил, почему не может принять на одного себя такого поручения. Тогда король назначил двух комиссаров - брестского воеводу Юрия Тышкевича и смоленского каштеляна Григория Тризну, чтобы они, съехавшись в назначенное время в Вильну к митрополиту, потребовали к себе всех виновных, произвели самое тщательное дознание о забранных ими церковных и госпитальных имуществах, определили, сколько убытку причинили они церквам и госпиталям, отобрали у них все, что еще сохранилось из забранного, и передали по принадлежности. В числе разных даней, какие шли на виленский Пречистенский собор по завещаниям благотворителей, находилась денежная и медовая даь с села или деревни Турец, пожалованная еще в 1486 г. княгинями Зубревицкою и Трабскою. Эта дань за 1567 г. не была внесена жителями. Митрополит Иона отнесся об этом к владельцу села, великому гетману литовскому Григорию Александровичу Ходкевичу, и Ходкевич приказал (19 сентября 1568 г.) своим подданным, чтобы они по стародавнему обычаю сполна заплатили дань посланцу митрополита и за прошлый год, и за истекавший. У виленского Свято-Троицкого монастыря было только два имения, пожертвованные ему (1536 - 1539) князем Матвеем Головчинским. Лучшее из них - Свинтыники постоянно усиливались отнять у монастыря потомки жертвователя, Ярослав и Щастный Головчинские, и держали в своем владении. Митрополит Иона, управлявший теперь Свято-Троицким монастырем, обратился с просьбою к литовскому маршалку Яну Ходкевичу, которому оба названные лица приходились шурьями, чтобы он подействовал на них в пользу обители. И Ходкевич, хотя был уже не православным, а латинянином, написал (4 декабря 1572 г.) письмо к своим родственникам и убеждал их возвратить монастырю отнятое ими имение, говоря, что и сам он недавно был лютеранином и поступал так же, как они, но никогда не видел, чтобы кому-либо принесло пользу отнятое у Церкви. На одно из киевских имений митрополита, на село Толокну, сделал нападение какой-то пан властный Горностай, завладел этим селом и не хотел его возвратить митрополиту, несмотря на грамоты короля; митрополит Иона чрез своего киево-софийского наместника Богуша Гулькевича-Глебовского принес жалобу киевскому воеводе князю К. К. Острожскому. И Острожский два раза писал (8 января 1576 г. и 30 января 1577 г.) князьям, земским врядникам и всей шляхте земли Киевской, жившим около Овруча, чтобы они съехались вместе, отобрали село Толокну у пана Горностая и передали киевскому наместнику митрополита, а два имения Горностая за его вину "привернули" к киевскому королевскому замку.