Наступил 1594 год, и митрополит, получая известия, что Гедеон не перестает архиерействовать, послал к нему (16 генваря) еще позыв явиться лично на суд Собора, имеющего открыться в Бресте 24 июня. Но Гедеон не явился и теперь, а отправил в Брест только своего уполномоченного, который заявил на Соборе в самый день его открытия, что Собор незаконен, так как на нем с митрополитом всего два епископа, Владимирский и Луцкий, и созван он в отсутствие и без ведома короля, находившегося тогда в Швеции, и что такой Собор не вправе производить суд над епископом. Несмотря, однако ж, на протест, Собор осудил Гедеона заочно, и вследствие соборного решения 10 июля митрополит, седши сам в брестской соборной церкви на амвоне, при собрании великого множества народа всех сословий приказал архидиакону возгласить, что Львовский епископ Гедеон "отлучается от всех справ святительских до того часу, аж ся церкви Божой справит". Когда же вскоре за тем поступили новые жалобы на Гедеона, что он насильно завладел Уневским монастырем и жестоко обходится с монахами, вовсе не помышляя о каком-либо исправлении, то митрополит созвал Собор у себя в Новогрудке и в 26-й день сентября по определению Собора, на основании прежних решений патриарших и соборных низложил Гедеона "с стану епископского и от всего сана святительскаго". А на следующий день написал к канцлеру Польши Яну Замойскому послание, в котором, довольно подробно изложив весь ход дела, как Гедеон притеснял львовское братство и посягал на права своего архипастыря-митрополита, как два раза подвергался за это осуждению и запрещению от патриарха, два раза подвергался тому же от Соборов, как, несмотря на троекратные позвы, не хотел явиться на суд духовный и как, наконец, действительно низложен, митрополит просил канцлера предупредить короля, чтобы он, если Гедеон обратится к нему с жалобою, отнюдь не отменял соборного решения, помня свою присягу, данную при коронации, не нарушать прав духовенства, как римского, так и греческого. Совершенно произвольна догадка, будто митрополит преследовал Гедеона за его склонность к унии, которой сам не сочувствовал, и отстаивал братство, как противившееся унии. Митрополит отстаивал не столько братство, сколько самого себя, свою власть, свои права, на которые посягал его своевольный викарий; митрополит преследовал силою церковных законов епископа, который не хотел подчиняться не только своему архипастырю, но и Соборам и самому патриарху. Об унии тут не было и помину.
Собор 1594 г., открывшийся в Бресте с 24 июня, действительно не мог иметь законной силы, потому что король Сигизмунд III находился тогда в Швеции, а сеймовою конституциею предшествовавшего года запрещены были всякие съезды, сеймы или Соборы в отсутствие короля. На эту конституцию в самом начале Собора указал епископ Луцкий Кирилл Терлецкий, и в то же время митрополит получил письменное напоминание о ней от примаса королевства Гнезненского архиепископа. Потому собравшиеся на Собор решили, что так как они съехались к урочному дню на Собор в надежде возвращения в этому времени короля, а король доселе не возвратился, да и не все епископы приехали, то Собор, имея в виду означенную конституцию, не будет заниматься никакими делами, кроме дел судных, которых конституция та не запретила (разумелся суд над епископом Гедеоном). Снисходя, однако ж, на просьбы послов виленского Свято-Троицкого братства, прибывших с инструкциею, подписанною панами сенаторами и другими знатными членами братства, и желая облегчить работу будущего Собора, настоящий Собор решился рассмотреть эти просьбы и сделать по ним свое постановление в виде проекта, который имел быть утвержден на Соборе последующего года. В проекте было определено:
1. оставляем в силе лишь те церковные братства, которые имеют благословение от святейших патриархов и одобрены митрополитом и всеми епископами, и желаем не только не препятствовать, но и всячески содействовать их процветанию, а все иные церковные братства, противные этим, хотя бы получили начало от какого-либо епископа, знать не хочем и возбраняем;
2. священники братских церквей должны во всех епархиях находиться под властию местных архиереев, кроме братской Успенской церкви в Львове и львовского Онуфриевского монастыря, состоящих под благословением митрополита;
3. так как священники Троицкого братства в Вильне терпят препятствия в отправлении церковных служб от священников бурмистровских, то благословляем братству построить свою церковь на братской земле, по данной ему королем грамоте, а пока церковь построится, священники братские пусть служат в Троицком монастыре, впрочем, и после построения церкви Сретенский придел в Троицком монастыре по благословению патриарха и грамоте короля должен навсегда оставаться за братством для отправления церковных служб;