Для содержания своего киевского училища, которое называл то школами, то гимназиею, то коллегиумом или коллегиею, Могила назначил два лаврских имения - Вишеньки и Гныдин и свой собственный фольварк - Позняковщизну, который купил за четыре тысячи злотых. Построил для училища в братском монастыре особую деревянную церковь во имя святых мучеников Бориса и Глеба, которая называлась конгрегационною, так как в ней собиралась на молитву "конгрегация" воспитанников. Для помещения классов соорудил большое двухэтажное здание; завел при училище библиотеку, а для бедных учеников учредил бурсу. О внутреннем устройстве киевского училища и преподавании в нем наук при Петре Могиле подробных сведений не сохранилось; известно только, что здесь преподавались и "высшие науки", что преподаватели назывались "профессорами", а ученики, конечно высших классов, "спудеями студентами". Заботясь не об умственном только, но и о нравственном воспитании в своей коллегии. Могила сам составил и напечатал для руководства своим питомцам книгу "Анфологион, сиречь молитвы и поучения душеполезные, в душевную пользу спудеов и всех благочестивых любомолитвенник" (24 мая 1636 г.). В предисловии к книге он говорил к этим спудеям: "Постаравшись с Божиею помощию при моих слабых силах на мои собственные средства обновить гимназию, т. е. школы в Киеве, отчасти бывшие уже в упадке и опустелые, я снабжал вас, снабжаю и до конца моей жизни не престану снабжать книгами, учителями, содержанием в них бедных сотоварищей-студентов и прочими надобностями. Но мне желательно также, чтобы в тех школах не только преподавались высшие науки, а еще более и выше всего посеевалось и вкоренялось в сердцах ваших благочестие, без которого всякая мудрость есть глупость пред Богом и справедливо так именутся. Поручал я и приказывал трудящимся, как при мне, так и в тех школах, чтоб каким-либо методом, кратким и вам, юношам, совершенно приличным, собрали, расположили и издали в свет аскетические упражнения. Ни одному, однако ж, из них при всей охоте и усердии не представлялось, как вам известно, к тому досуга, частию по случаю беспрестанных бедствий и хлопот, частию же по причине занятий и других трудов церковных и школьных. Тогда, подумав, что кто ищет времени, тот уже тратит время, я сам решился как бы для отдохновения от других ежедневных трудов и забот взять на себя обязанность, чтобы в весеннее цветущее время вашему цветущему, детскому и юношескому, возрасту собрать на лугах богодухновенных церковных наук и св. писаний издающие достойное признательности благовоние цветы благочестивых размышлений и умиленных молитв и вам, всему содружеству, т. е. конгрегации киевских школ, в знак отеческой любви в дар принести, - что теперь и исполняю". В самой книге "Анфологионе" действительно изложены благочестивые размышления или только наставления о них и умиленные молитвы: сначала размышления и молитвы вечерние, которыми должны были юноши оканчивать каждый день своей жизни, отходя ко сну; потом - утренние, которыми они должны были начинать каждый день своей жизни, восстав от сна. Первым ректором киево-могилянской коллегии был Исаия Трофимович Козловский, "доктор богословия" и "премудрый богословия учитель", как называли его современники. Он был духовником Петра Могилы и пользовался особым его доверием: по его поручению ездил в Царьград за патриаршею грамотою на посвящение Могилы в митрополита; потом вместе с другими членами комиссии принимал от униатов Киево-Софийский собор и, как увидим, исполнял и иные весьма важные дела. Могила отдал ему в управление свой собственный монастырь, Пустынно-Николаевский, который получил от короля для усиления средств своего содержания по сану митрополита, и Исаия оставался игуменом этого монастыря до самой своей кончины (15 марта 1651 г.). Ректорствование Исаии в коллегии продолжалось около шести лет (1632 - 1638). В последующее время упоминаются как ректоры ее: в 1640 г. Иосиф Кононович Горбацкий, в 1641 г. Игнатий Оксенович Старушич и в 1646 г. Иннокентий Гизель. Кононович и Старушич были вместе и игуменами Киево-братского монастыря. Трофимович и Гизель хотя числились настоятелями иных монастырей, но, вероятно, имели пребывание в самой коллегии, которою управляли, а все профессоры ее и учители состояли иноками братского монастыря и назывались "отцами коллегиатами киевского Богоявленского братства".