Не обошлось, конечно, и в Киеве без столкновений с униатами и латинянами и вообще без огорчений, особенно для самого Петра Могилы. В феврале 1637 г. скончался униатский митрополит Иосиф Велямин Рутский в Дерманском монастыре, где скончался и Смотрицкий. На место Рутского назначен был его коадъютор Рафаил Корсак, епископ Пинский и Туровский, который вскоре по просьбе униатских епископов (от 1 марта) и утвержден папою. Новый митрополит прибыл было в Киев, предъявляя свои права на владения и доходы Киево-Софийского собора. Но принужден был Могилою удалиться, так как по известным "Статьям" примирения эти имения оставлены были за униатскою митрополиею только до смерти Рутского. Воеводою в Киеве был Ян Тышкевич, ярый католик, старавшийся всячески вредить православным. "Я терплю великое преследование от пана воеводы киевского, - писал Могила в 1640 г. Минскому братству, - тут, в Киеве, вновь начали чинить над нами тиранство и проливать кровь. Досадуя, что в моем коллегиуме обучается великое множество (громада) молодежи русской, и опасаясь, что юноши эти, изучив науки, могут показать правду всему свету и могущественно оборонять св. Церковь, воевода приказал своему замковому наместнику взвести клевету на какого-либо студента в важном преступлении, чтобы студенты, устрашившись, все разбежались по другим училищам, в которых прежде учились. И вот в первый понедельник Великого поста, когда студент Федор Гоголевский шел через площадь, его схватили и повлекли в замок. Там слуга наместника Сепач удостоверял, будто ночью, когда он с другими находился в корчме, студенты сделали нападение на дом и кого-то ранили. Наместник, вместо того чтобы произвесть расследование, приказал тотчас студента обезглавить, - и это случилось в мое отсутствие из Киева". Может быть, студент действительно был виноват, но как дело не было расследовано законным порядком, то Могила и мог подозревать здесь одну злонамеренность. Латиняне имели уже в Киеве два монастыря на Подоле: доминиканский и бернардинский. Но монашествующие этих орденов не в состоянии были бороться с православными. Потому воевода Тышкевич с общего совета своих единоверцев решился водворить в Киеве иезуитов с их школою и назначил для будущей иезуитской коллегии фундуш. С этою целию в 1645 г. вызваны были из Кракова в Киев предварительно только два иезуита, Станислав Сметка и Николай Циховский. Они начали совершать исповедь в храмах доминиканском и бернардинском и будто бы совратили в латинство четырех православных. Затем Циховский открыл в бернардинском храме ряд проповедей об исхождении Святого Духа и возбудил ими общее внимание, так что славившийся между своими единоверцами "ректор могилянской коллегии и профессор философии" Иннокентий Гизель пригласил проповедника иезуита к себе в коллегию и предложил ему иметь с ним публичный диспут. С обоюдного согласия диспут об исхождении Святого Духа состоялся 8 июня 1646 г. и продолжался три дня. Обе стороны по обычаю остались при своем, и каждая усвояла себе победу. Вскоре иезуитская коллегия при покровительстве воеводы Тышкевича, к великому негодованию православных, действительно основалась в Киеве.