Служение русского духовенства отечеству, в такой степени проявившееся в Смутное время, особенно при патриархе Гермогене, было очень ощутительно и во все время междупатриаршества, так как и новое правительство, которому предлежало столько трудов, чтобы совершенно очистить землю Русскую от внешних врагов и изменников и водворить в ней порядок и тишину, истинно нуждалось в поддержке и содействии со стороны церковной власти. В Москве воцарился избранник Русской земли юный Михаил Федорович, а на юго-востоке России, в Астрахани, свирепствовал с своею шайкою Заруцкий, сопровождаемый известною Мариною и ее сыном. Новый государь послал свои царские грамоты (от 18 марта 1614 г.) к донскому и волжскому казачьим войскам, убеждая их помогать его воеводам, отправляться против Заруцкого, писал также к самому Заруцкому, приглашая его покориться законной власти и обещая ему прощение. В тот же день послали свои грамоты и к обоим казачьим войскам, донскому и волжскому, и к Заруцкому наши архипастыри со всем освященным Собором и старались склонить их к исполнению воли государевой своими духовными увещаниями и угрозою анафемы. На севере России, в пределах Новгородских, хозяйничали шведы, осаждали и разоряли города, и государь по решению всего освященного Собора, бояр и других чинов отправлял (4 сентября 1614 г.) Суздальского архиепископа Герасима и чудовского архимандрита Авраамия с двумя светскими лицами в Ярославль, чтобы убеждать находившихся там казаков и их атаманов к походу на Тихвин для освобождения его от шведского войска. Под Смоленском и вообще на западной окраине России продолжалась борьба между русскими войсками и польскими. А так как в рядах польских воинов находилось немало и униатов, бывших прежде православными и живших в областях, которые принадлежали некогда Московскому государству, то наши митрополиты, архиепископы и епископы со всем освященным Собором послали в те области одно за другим два свои воззвания. Здесь, напоминая жителям Западнорусского края об их русском происхождении и о той вере, в которой они родились и которой теперь изменили, о дорогих сердцу русскому угодниках Божиих, просиявших в России, святителях Петре, Алексии, Ионе, князе черниговском Михаиле и боярине его Феодоре, преподобном Сергии, Варлааме и других, умоляли этих жителей покаяться и снова обратиться к истинной христианской вере, данной от Бога, и к государю царю и великому князю Михаилу Федоровичу, давали обещание разрешить им грех отступничества и исходатайствовать им щедрые милости от государя. Для жалованья ратным людям, которых необходимо было содержать тогда в большом количестве, правительство крайне нуждалось в материальных средствах. И потому на земском Соборе (1616), на котором присутствовали и митрополиты, архиепископы, и епископы, и весь освященный Собор, было приговорено: на ратных людей собрать со всех городов, посадов и уездов, со всех сел и волостей, вотчин и поместий, в том числе и с патриарших, митрополичьих, архиепископских, епископских и монастырских, сошные деньги, а с гостей и торговых людей, в том числе и с монастырей, производивших торг, пятую деньгу. На земском Соборе в 1618 г., когда польский королевич Владислав угрожал осадить Москву, русские митрополиты, архиепископы, и епископы, и весь освященный Собор вместе с боярами и со всеми другими светскими лицами объявили царю Михаилу Федоровичу, что "они все дали обет Богу за православную христианскую веру и за него, государя, стоять безо всякого сумнения и с недругом его, королевичем Владиславом, битись до смерти, не щадя голов своих".