При учреждении патриаршества в России постановлено было увеличить число епархий в Русской Церкви до 19; между ними кроме патриаршей, прежде митрополичьей, области должны были находиться четыре митрополии, шесть архиепископий и восемь епископий. На самом же деле первоначально явилось только 14 епархий вместе с патриаршею - четыре митрополии, шесть архиепископий и три епископий. Большая часть из них были прежние епархии, а вновь открыты только архиепископия Астраханская и епископий Псковская и Корельская. Первая из трех новых епархий отделилась от Казанской, вторая и третья - от Новгородской, вследствие чего Казанская и Новгородская епархии уменьшились в своем объеме. Но в последующее Смутное время число епархий у нас не только уже не возрастало, а еще уменьшилось двумя. Корельская епархия после взятия города Корелы шведами (в июле 1611 г.) закрыта навсегда. Единственный епископ ее Сильвестр после этого временно управлял Вологодскою епархиею, называясь то епископом Корельским, то Вологодским архиепископом, пока в июне 1613 г. не был перемещен во Псков, где и скончался. Епархия Смоленская, считавшаяся архиепископиею, перешла после взятия Смоленска поляками (15 июня 1611 г.) во владения Польши на много лет, пока Смоленск не был возвращен России. Может быть, как бы взамен этой утраченной архиепископий Псковская епархия в 1611 г. по воле царя Михаила Федоровича возведена на степень архиепископий. Другие епархии если и не были закрыты среди тогдашних смутных обстоятельств, то оставались без архипастырей на более или менее продолжительное время. В Астрахани после известного архиепископа Феодосия (? 18 декабря 1606 г.), столько пострадавшего еще при первом самозванце и участвовавшего в перенесении мощей святого Димитрия царевича из Углича, не было архиерея почти девять лет, там происходили постоянные смуты, волнения и убийства от казаков и других мятежников, и только при царе Михаиле Федоровиче туда поставлен был новый архиепископ Онуфрий (15 февраля 1615 г.). Тверская кафедра, после того как архиепископ Феоктист взят был тушинцами в плен (1608) и потом убит ими, оставалась праздною около пяти лет и только с воцарением Михаила Федоровича, в мае 1613 г., отдана была архиепископу Арсению Елассонскому, проживавшему при московском Архангельском соборе. В Ростове после взятия митрополита Филарета Никитича тушинцами в плен не было архиерея около трех лет (1608 - 1611). В Суздале после изгнания архиепископа Галактиона теми же тушинцами не было епархиального владыки около четырех лет (1608 - 1612). Вследствие тех же прискорбных обстоятельств от Новгородской епархии временно были отделены Каргополь и другие города и уезды по Двине и Вагу. Они отданы были Вологодскому архиепископу Нектарию (с 1613 г.) "для его скудости и вологодского запустенья" в то время, когда Новгород находился под властию шведов. С возвращением же Новгорода под власть России возвращены к Новгородской епархии грамотою царя Михаила Федоровича (6 июля 1617 г.). В числе архипастырей, правивших нашими епархиями в то тяжелое время, немало было, как мы уже видели, таких, которые показали высокие примеры приверженности к православной вере и отечеству, теперь упомянем еще о двух - Смоленском и Новгородском. Смоленский архиепископ Сергий своею твердостию и преданностию вере и отечеству прославился на всю Россию вместе с воеводою Шейным во время долговременной осады Смоленска королем Сигизмундом. По словам ярославцев в их грамоте в Казань (март 1611 г.), все верные сыны отечества тем только и утешались тогда посреди обрушившихся на него бедствий, что дал им Бог "за православную веру крепкаго стоятеля, святейшаго Гермогена, патриарха Московскаго, а в Смоленску архиепископа да премудраго боярина Шеина". Однажды, когда сам Шеин вместе с жителями, доведенными до крайности, пришел к Сергию уговаривать его, чтоб благословил сдать город, Сергий, сняв с себя облачение и положив посох, сказал, что готов принять муку, но Церкви своей не предаст и скорее допустит умертвить себя, чем согласится на сдачу города. Тронутые словами архипастыря, жители отложили свое намерение и дали клятву стоять против врага до последней капли крови. Когда Смоленск был взят, Сергий и Шеин были отведены в Польшу и отпущены в отечество только в 1619 г. при размене пленных. А о Новгородском митрополите Исидоре, после того как Новгород возвращен был шведами России, вот что писал сам царь Михаил Федорович в своей грамоте (27 февраля 1617 г.): "Об вас, богомольце нашем Исидоре митрополите, я слышал от истинных и неложных сказателей - о вашем благоподвизательном страдании и исправительном пастырстве для словесного стада, как вы за православную веру и христианские души, подобно древним подвижникам, много раз подвизались болезненным постом и страданиями, и, ревнуя нашему учителю Христу, непрестанно обличали многие ереси и неправды, и наставляли христиан к свету благоразумия. Многих, отпадших от нашей истинной веры, которых насильники германского рода приводили у вас к крестному целованью на королевское имя, равно и тех, которых они прельщали и принуждали идти в свою землю, ты, добрый пастырь и учитель, с своими о Христе сынами, архимандритами и игуменами и всем освященным Собором, усердно позаботился уловить своею духовною мрежею, и наставил к истинному свету и правде Божией, и своим учительством и вразумлениями освободил от прелести. Мы благодарим Господа, что он не оставляет народа христианского и посылает ему таких поборников и стоятелей за словесное стадо, как вы".