Новых монастырей явилось у нас немного, и то преимущественно в царствование Федора Ивановича и отчасти Бориса Федоровича. В Москве основаны три монастыря: в 1591 г. Донской - в память избавления Москвы от крымского хана Казы-Гирея, так названный по имени Донской иконы Богоматери, находившейся тогда в стане московского войска; к концу XVI в. Зачатиевский и Ивановский, оба женские. В пределах тогдашней Новгородской епархии - три монастыря: к концу XVI в. - Антониев Леохнов, в 50 верстах от Новгорода, преподобным Антонием Леохновским; в 1603 г. - Синеозерская Благовещенская пустынь, в 60 верстах от Устюжны, преподобным Евфросином, и в 1606 г. - Красногорский, в 10 верстах от Пинеги; кроме того, в 1597 г. возобновлен царскою казною Валаамский монастырь, разоренный шведами. В Казани основано два монастыря: Иоанно-Предтечев и Феодоровский Троицкий, оба к концу XVI в. В Астрахани - один, Спасо-Преображенский, в 1597 г. В Тверской епархии - один, Нилов Столбенский, в 1594 г. В Вологодской епархии - пять: в самой Вологде - Горний Успенский, девичий, в 1590 г. и Галактионова пустынь, к концу XVI в., названная по имени преподобного Галактиона, ее основателя; в 85 верстах от Тотьмы - Бабозерская Николаевская пустынь, около 1605 г.; в 80 верстах от Устюга, на реке Недуме - Устьнедумский Введенский монастырь, в 1607 г. и в Соликамске Вознесенский, в 1608 г. На Вятке, в городе Слободском - один, Богоявленский, устроенный по просьбе всех жителей и по благословению патриарха Иова в 1599 г. В пределах нынешней Курской епархии - три: в 27 верстах от Курска - Коренная Рождества Богородицы пустынь, в 1597 г.; в Белгороде - Николаевский, в 1599 г. и в самом Курске - Троицкий, в начале XVII в., строителем Ионою Темкою. Не перечисляем других монастырей, которые только упоминаются в первый раз к концу XVI и в начале XVII в., но могли быть основаны прежде. Один из древнейших новгородских монастырей, Хутынский Варлаамов, доселе управлявшийся игуменами, возведен на степень архимандрии. В 1608 г. царь Василий Иванович Шуйский, посоветовавшись с патриархом Гермогеном, решил "для чудотворнаго места и почести тоя великия обители" быть в ней архимандриту и дать ему шапку епископскую, а патриарх благословил тогдашнего игумена этой обители Трифона в архимандриты и повелел ему служить литургию в епископской шапке, с рипидами и со свещами на ковре, как достоит епископу".