А теперь оно действительно настроено было по отношению к Мефодию весьма неприязненно и резко выразило эту свою неприязнь при первом открывшемся случае. В мае 1663 г., 10-го числа, скончался в Корсуне митрополит Дионисий Балабан, а около половины мая прибыл в Малороссию новый уполномоченный от государя, окольничий князь Великого-Гагин, с товарищи и разослал приглашения собраться в Нежин на генеральную раду для избрания гетмана. Получив известие о времени этой рады, главные представители киевского духовенства, печерский архимандрит Иннокентий Гизель, игумены: николо-пустынский Алексей Тур, михайловский Феодосий Сафонович, межигорский Варнава Лебедевич, кирилловский Мелетий Дзик и ректор братских школ Иоанникий Голятовский - написали послание к наказному гетману Самку и к старшине запорожского войска и, высказывая им свои благословения и благожелания, чтобы "рада принесла все доброе как запорожскому войску, так и Церкви Божией", слезно просили их вместе с панами полковниками, сотниками, есаулами, атаманами и всем знатным рыцарством позаботиться на раде не о своих только вольностях, но и о вольностях духовных, особенно же о том, чтобы теперь, когда по смерти митрополита Дионисия Церковь осиротела, дан был ей впредь до избрания нового митрополита достойный блюститель митрополии. "А если бы, - продолжали настоятели киевских монастырей, - отец Мефодий захотел пред вами присваивать себе на дальнейшее время блюстительство митрополитской кафедры, в таком случае усердно просим не допускать ему того, потому что мы не хочем иметь его за блюстителя по следующим причинам: а) отец Мефодий находится под проклятием как патриарха Константинопольского, так и Московского за то, что вмешался незаконно в чужую диецезию, а от таковых каноны св. отец не только запрещают духовным и мирским людям принимать благословение, но повелевают устраняться даже в пище и питии; б) он посвящен на епископство без всякой елекции (какая бывала в епархиях Киевской митрополии); в) он только по своему желанию, не имея никаких заслуг пред Церковию, выпросил себе блюстительство… вопреки канонам и нас всех фальшиво привел в подозрение у его царского величества. Для лучшего уразумения клятвы, положенной на него Константинопольским патриархом, посылаем вам с нее копию. Если отец Мефодий хочет быть блюстителем, то пусть покажет вам хоть какое-нибудь разрешение от этого проклятия; мы же отнюдь не желаем его блюстительства и не соизволяем на то. Если он и вам показал себя не пастырем, то тем более нам. Мы принимали его по грамоте нашего милостивого государя за блюстителя, ожидая от него, что он будет нам отцом; он же вместо отца явился нам великим неприятелем и вместо блюстителя - губителем. Между вами он произвел такое раздвоение и замешательство, что вовсе неприлично его званию и сану… Посылаем к вам от себя двух игуменов, выдубицкого Клементия Старушича и мгарского Виктора Загорского, для устных объяснений с вами, чтобы на генеральной раде не было допущено блюстительство отца Мефодия, и просим вас писать к его царскому величеству, да даст нам в блюстители отца епископа Черниговского, к тому пригодного и много заслуженного пред св. Церковию, которого отец Мефодий сместил с кафедры". В то же время настоятели киевских монастырей написали и к самому Лазарю Барановичу, просили его выслать на генеральную раду своего наместника для совокупного действия с игуменами выдубицким и мгарским против Мефодия и затем просили, "уважая его (Барановича) славные заслуги для Церкви Божией, чтобы он как прежде, так и теперь, если последует соизволение царского величества, благоволил своею личностию украсить осиротелую митрополитскую кафедру, пока будет избран новый митрополит". А наказной гетман Самко от себя письменно просил Лазаря Барановича даже лично пожаловать на нежинскую раду, чтобы благословить ее и утвердить. Осторожный и благоразумный Баранович хотя послал на раду своего наместника Иеремию Ширкеевича, но сам поехать не захотел, а от принятия на себя блюстительства митрополии решительно отказался. "И слабость моя непритворная, - писал он, - возбраняет мне то, и двукратное блюстительство, недостойно мною отправленное, страшит меня, как бы не дать за то Господу ответа, да к тому же блюстительство это я должен был бы отправлять из коштов моей убогой епископии, а не из митрополитских имений, лежащих на той стороне Днепра". Баранович с своей стороны предлагал и просил ходатайствовать пред государем о позволении избрать поскорее совершенного митрополита . Впрочем, напрасны были все эти хлопоты и переписка киевского духовенства и наказного атамана, направленные против епископа Мефодия. Распорядителем генеральной рады был царский посланник князь Великого-Гагин, и он прежде всего пригласил на раду епископа Мефодия. И на раде вовсе не поднималось вопросов о церковных делах, о блюстительстве митрополии и не делалось никаких заявлений против Мефодия. А в гетманы на раде был избран не Самко, как надеялись он сам и его приверженцы, но Брюховецкий, которому покровительствовал Мефодий и которого привел потом к присяге на верность государю. Самко же и Золотаренко, совместники Брюховецкого, выданы были по просьбе последнего на войсковой суд и казнены смертию как изменники с несколькими другими лицами.