Малороссийское духовенство левой стороны Днепра с своею паствою вовсе не участвовало в избрании митрополита Киевского Иосифа Тукальского, а оставалось по-прежнему под властию блюстителя митрополии епископа Мефодия, который после избрания гетмана Брюховецкого на нежинской раде возвратился наконец в Киев. С этого времени Мефодий имел более возможности заняться церковными делами, и действительно занялся. Один из киевских иноков, живший при Софийском соборе, в письме своем к царю от 12 октября 1663 г., прося у него милостыни на этот собор, выражался: "Церковь св. Софии до первой своей красоты, даст Бог, придет. Верим, не умер Могила, смею я то говорить: как его милость (еп. Мефодий) при престоле митрополитском остовает, зачал, яко покойник Могила, починять церковь побожне. Имею я надежду к Богу, что его милость совершит счастливое". С своей стороны и киевское духовенство, так резко нападавшее на Мефодия, особенно вследствие патриаршей на него анафемы, начало мало-помалу сближаться с ним, и имя Мефодия как блюстителя митрополии вновь стали поминать в киевских церквах и монастырях, что, разумеется, могло последовать не прежде, как получено было из Царьграда известие о снятии с Мефодия патриаршей клятвы. Между тем новый гетман Брюховецкий, столько одолженный Мефодию, скоро оказался неприязненным как к Мефодию, так и к подведомому ему духовенству. Еще 18-го числа 1663 г. Брюховецкий, приехав в полночь с несколькими старшинами к гадячскому воеводе Хлопову, говорил ему наедине, тайно относительно Мефодия и киевских монахов следующее: "В городе Киеве творится что-то очень недоброе от умысла злых людей: король идет к Киеву по приглашению киевских жителей. А вся злая беда началась от старицы Ангелины, которая учит в Киеве дочь епископа (Мефодия) грамоте. Старица та, какие ни услышит вести от епископовой дочери, про все передает ведомость в Польшу к панке (жене) Тетере. Кажется, что у епископа есть прозябь большая и неверность в раденье к великому государю. Потому я имею подозрение на епископа, что после рады (нежинской) в Киеве заключен был нежинский атаман Шмотович, и старцы (печерские) взяли его себе на поруки, и тот атаман будто ушел, а его-де отпустили старцы нарочно умыслом и велели ему, Шмотовичу, собрав казаков и татар, приходить на государевы черкасские города. Я посылал по тех старцев, и епископ не прислал их ко мне, а взял с них золотые червонные. Страшусь, чтобы епископ своим злым умыслом не учинил чего-либо над Киевом и королю города не сдал". Эти слова тогда же были переданы Хлоповым московским дьякам Башмакову и Флорову, находившимся в Малороссии по поручению государя, а ими потом сообщены самому государю. В следующем 1664 г. сам Мефодий должен был сознаться в нерасположенности к нему Брюховецкого и писал в Москву, "чтобы великий государь не во всем полагался на гетмана, ни в чем меня гетман не слушает". В своей неприязни к духовенству, особенно монашествующему, Брюховецкий дозволял казакам грабить и разорять церковные имения и на все жалобы духовных властей не обращал никакого внимания, так что духовенство стало считать гетмана врагом Церкви и в монастырях прекратило о нем молитвы. А в феврале 1665 г. он прямо доносил государю, что печерские чернецы замышляют измену и хотят впустить в свой монастырь поляков.