Среди его непосредственных преемников самым значительным был испанец Хуан де Омедес, правивший с 1536 до 1553 года. При нем фортификация Биргу начала обретать реальные формы. Итальянский военный инженер Антони Феррамолино был послан на Мальту Карлом V, чтобы принять участие в реконструкции старой рыбацкой деревни и ее превращении в крепость. Феррамолино немедленно указал, что вся территория расположена очень низко и над ней господствует известняковый хребет горы Скиберрас, который ограничивает с севера вход в Большую гавань. Феррамолино посоветовал Омедесу перевести конвент на высоту и там построить новый город.
Великий магистр, безусловно, понял разумность доводов инженера, но почти ничего не мог сделать, поскольку стоимость постройки нового укрепленного города была заоблачной и превосходила возможности ордена. Ему пришлось довольствоваться тем, что поручил Феррамолино укрепить существующие оборонительные сооружения вокруг Биргу. Главным из них был форт Сант-Анджело, который был преобразован в мощный укрепленный пункт. Феррамолино возвел большой кавальер, откуда пушки могли вести огонь по входу в Большую гавань. Их огонь доставал до того места, где гора Скиберрас уходила в море. Другое радикальное усовершенствование – гигантский ров через полуостров, отрезавший крепость от города Биргу. Теперь в Сайт-Анджело можно было попасть только по подъемному мосту. Крепостной ров, таким образом, появившийся между крепостью и Биргу, также был удобен для галерного порта, напоминавшего Мандраккьо в миниатюре. Позже фортификационные сооружения для защиты Большой гавани строились испанским инженером Пьетро Фардо и графом Строцци, приором Капуа. На морском конце соседнего полуострова был построен форт в форме звезды, названный Л’Исла, впоследствии Сенглеа (в честь великого магистра де ла Сангля). Этот форт, названный в честь святого Михаила, обеспечивал дополнительное прикрытие Большой гавани и усиливал огонь Сайт-Анджел о.
Самым важным сооружением тех лет было строительство еще одного форта в форме звезды у подножия горы Скиберрас. Он доминировал над входом в Большую гавань, а также над входом в другую гавань Марсамускетто, расположенную к северу от полуострова. Форт, получивший название в честь святого покровителя мореплавателей святого Эльма, расположился на том месте, где раньше стояла небольшая сторожевая башня. Вероятно, там же раньше был маяк. Мальтийское название полуострова, Скиберрас, в буквальном переводе означало «Свет на мысе». В ходе строительных работ, которые активно велись первые 20 лет пребывания рыцарей на острове, был обнаружен один важный факт: мальтийцы оказались удивительно умелыми каменщиками. Хотя фортификационные сооружения проектировали военные инженеры и самые тяжелые работы выполнялись рабами, в основном каменщиками были мальтийцы. Живя на каменистом острове, где никто и не помышлял о постройке дома из дерева, они стали лучшими каменщиками – и резчиками по камню – в мире. В этом им помогала мягкость островного известняка, который можно было легко резать на блоки, но который после нескольких лет пребывания в соленой атмосфере покрывался толстой твердой коркой. Другой вид мальтийского известняка был очень твердым. Из него получался великолепный материал для наружных оборонительных сооружений, поскольку создавал поверхность, отлично противодействующую ядрам.
Поскольку финансовые дела ордена находились в плачевном состоянии, рыцари снова стали выходить в море. К их немалой радости оказалось, что, хотя мусульманские торговые пути располагаются несколько дальше от них, чем это было на Родосе, судоходство чрезвычайно богато. Кроме того, на мусульманские суда так давно никто не нападал, что они оказались совершенно неготовыми к появлению галер ордена. Действуя из Триполи и с Мальты, но по большей части с Мальты, галеры привозили на остров богатейшую добычу, которая помогла стабилизировать финансы и ускорила строительство не только оборонительных сооружений, но и нового госпиталя и приютов разных лангов.
Хотя военный флот ордена был небольшим, все же он оставался, как и во время пребывания рыцарей на Родосе, самым эффективным на всем Средиземноморье. Кроме того, хотя рыцарей сопровождали лоцманы и моряки с Родоса, мальтийцы тоже оказались неплохими мореходами, и к тому же легко обучаемыми. Они были знакомы с латинскими парусами – узнали о них от арабов, которые господствовали над их островами в течение двух столетий, и им не было равных в плавании на маленьких лодках, поскольку они издавна зависели от прибрежного рыболовства. Рыба была отличным дополнением к их рациону, тем более на Мальте и Гоцо было мало мяса. Коротконогие, широкогрудые, смелые и выносливые мальтийцы оказались не менее ценным приобретением для армии и флота ордена, чем родосцы в прежние века.