В Японии об этом учении было известно еще в X в. знали, что для того, чтобы открыть себе путь в рай, достаточно многократно повторять имя будды Амида. Но с 1052 г. учение начало набирать силу и достигло наибольшего влияния в XIII в. благодаря двум выдающимся проповедникам: Хонэн и Синран.
Около 1175 г. Хонэн основал школу Чистой земли (дзё̄до сю̄), базировавшуюся на вере «возглашения имени», отказе от монашества, отшельничества, подвижничества, обрядов. Японские исследователи считают, что именно проповедь Хо̄нэн вывела буддийское учение из сферы магии и превратило его в массовую религию. Среди приверженцев Хо̄нэн называли членов императорской фамилии, представителей знатных семей, прославленных воинов, предводителя разбойничьих шаек, «гулящих девок» из Портовых притонов. Если в раннем японском буддизме на первом плане были идеи охраны страны, государства, то сейчас главной целью стало личное духовное спасение.
Укреплением своего положения школа Дзёдо обязана Синран, ученику Хонэн, который адресовал свою проповедь прежде всего «порочным» (с точки зрения традиционного буддизма) людям с «замутненным сознанием» — самураям, крестьянам. Синран назвал свое учение Истинной школой Чистой земли (дзёдо синсю). В отличие от Хонэн, он утверждал, что для вхождения в Чистую землю не требуется многократного возглашения имени будды — достаточно произнести его один раз. Кроме того, Синран отказался от возведения храмов, разрешил своим последователям есть мясо, вступать в брак.
Еще одним выдающимся деятелем японского буддизма XII-XIII вв. был Нитирэн. Школа, созданная им, стала известна по имени основателя (Нитирэнсю) или по названию символа веры — «Сутре Лотоса» (хоккэсю). Нитирэн считал, что именно в ней заключена суть учения Шакьямуни, а молитва «Наму мё̄хо рэнгэ кё̄» («О, Сутра Цветка Лотоса Дивного Закона!») лучше всего отвечает воле Шакьямуни. Главная мысль своего учения Нитирэн выразил в следующих словах:
«Будда явился в этот мир не ради людей своего времени, а ради людей всех трех эр — «правильного Закона», «подобия Закона», «конца Закона»; не ради людей «правильного Закона» и «подобия Закона», а ради людей начала «конца Закона», — таких как я».
Нитирэн как бы вернул буддизму заботу об обществе, государстве и переводил его из мира человечества вообще в мир конкретного народа. Он писал политические трактаты и письма о том, что государство должно перейти на службу буддийской церкви, стать центром буддийского мира, что все бедствия которые переживает страна, включая и угрозу иноземного нашествия, происходят от того, что Будда отвернулся от Японии. За политические высказывания власти бакуфу несколько раз отправляли строптивого проповедника в ссылку.
Дзэн (кит. Чань) — единственная школа японского буддизма, возникшая в то время не на японской почве, а привнесенная из Китая. Учение возникло на рубеже V–VI вв. Его основателем считается индийский монах Бодхидхарма, живший в Китае.
Чань — это интуитивистская школа буддийской медитации. После того, как в XII в. были возобновлены контакты с Китаем, вновь участились поездки туда буддийских монахов, прежде всего школы Тэндай. В то время Чань-буддизм был одним из наиболее популярных направлений, привлекавших к себе многих художников и литераторов. В конце XII в. тэндайский монах Эйсай привез новое духовное учение в Японию и с помощью китайских монахов-миссионеров начал широко пропагандировать его среди аристократии и буддийского духовенства.
В Японии дзэн-буддизм разделился на несколько направлений. Самыми популярными стали Риндзай и Сото, основоположниками которых были Эйсай и Догэн. Школа Сото нашла для себя благодатную почву в сельской местности, среди небогатых самураев и крестьян, а направление Риндзай получило широкое распространение среди высших слоев воинского сословия. Так, оно нашло себе покровителей в лице Ходзё, которые всячески способствовали его распространению. В Камакура было сооружено несколько дзэнских монастырей, самыми известными из которых считаются Энгакудзи и Кэнтё̄дзи.
Поддержка дзэн со стороны Хо̄дзё̄ во многом объяснялась тем, что прежние монастыри Киото были теснейшим образом связаны со столичной аристократией и императорским домом. Сиккэн были не в состоянии контролировать монастыри Кинай, а они (Энрякудзи, Кофукудзи, Нэгоро, Коясан и др.) имели хорошо обученные военные отряды и всегда готовы были выступить на стороне императорского двора.
Впрочем, оказывая поддержку дзэн-буддизму, Хо̄дзё̄ отличались взвешенным отношением к разным буддийским школам, старались не противопоставлять их. Эта веротерпимость наиболее ярко проявилась в период монгольских нашествий и в первые десятилетия после них. Так, Хо̄дзё̄ Садатоки издал законы о поддержании и ремонте храмов (как буддийских, так и синтоистских), находившихся в ведении провинциальных управлений.