Такое поведение японской стороны, по-видимому, было вызвано тем, что японцы были в достаточной степени осведомлены о событиях на материке. Их информаторами были как южносунские купцы, так и многочисленные буддийские монахи, прибывавшие из Китая. На основании имевшихся сведений японцы сочли, что монголы представляли для них угрозу. Сохранилось распоряжение бакуфу, направленное сюго провинции Сануки на о-ве Сикоку. В нем сообщалось, что монголы задумали злое дело, собираются напасть на Японию, и давалось указание немедленно оповестить об этом всех гокэнин провинции и организовать оборону. Вероятно, подобные распоряжения были разосланы всем сюго на юго-западе страны. В 1271 г. в Китае воцарилась новая династия Юань, основателем которой был Хубилай. В 1273 г. под властью Юань оказалось и Корё, которому в 1274 г. было дано распоряжение построить и оснастить флот в 900 кораблей и собрать армию в 5 тыс. чел. Через несколько месяцев совместная монголо-корейская армада вышла в море и двинулась в направлении Японских о-вов. Она атаковала острова Цусима и Ики, которые, несмотря на отчаянное сопротивление, были захвачены и разграблены. Через несколько дней иноземный флот вошел в залив Хаката.
На о-ве Кюсю им противостояла сравнительно небольшая по численности армия (по подсчетам современных японских ученых не более 3,5–6 тыс. чел.). Кроме того, японцы впервые столкнулись с регулярной, хорошо вооруженной армией, владевшей различными тактическими приемами. От поражения японцев тогда спас шторм.
Японцы понесли большие потери, но и нападавшие потеряли около 2/3 армии, погибшей не столько в сражениях, сколько во время сильного шторма, уничтожившего большую часть монголо-корейского флота. Тайфун получил название ками кадзэ — «божественный ветер», ниспосланный богами для спасения государства.
Предполагая возможность повторного монгольского нападения, бакуфу предприняло ряд мер для обеспечения безопасности. В 1275 г. всем буси на о-ве Кюсю было приказано организоваться в отряды, объединявшие воинов 2-3-х провинций, и нести сторожевую службу по 3 месяца. Бакуфу также отдало приказ гокэнин Канто̄, имевшим владения в юго-западной части государства, отправится в эти владения. По юго-западному побережью были возведены фортификационные сооружения. Каменные стены протяженностью 20 км к востоку и западу от Хаката имели высоту 1,5–2,8 м и ширину основания 1,5–3,4 м и располагались в 50 км от моря. Остатки этих укреплений сохранились и сегодня.
Кроме того, в наиболее стратегически важные провинции были назначены новые сюго — представители дома Ходзё. Бакуфу укрепило оборону столицы, направив туда Хо̄дзё̄ Токимори и других известных гокэнин. Всем воинам столичной провинции Ямасиро — гокэнин и не-гокэнин — вменили в обязанность нести сторожевую службу по охране города. План обороны включал в себя также атаку Корё, являвшегося опорной базой империи Юань для нападения на Японию. Наконец, был отдан приказ всем сюго организовать в буддийских и синтоистских храмах провинций специальные службы о защите Японии и поражении ее врагов. Все эти меры усилили власть бакуфу, во главе которого в то время стояли Ходзё Токимунэ и Адати Ясумори.
В 1275 г. в Японию прибыло посольство от императора Юань. Ответ бакуфу на этот раз не заставил себя ждать — все посольство было казнено. Немедленного возмездия за это со стороны монголов не последовало: в то время империя Юань была занята войной с Южной Сун.
К 1279 г. сунская империя пала, ее император был пленен. Теперь для нападения на Японию Юань могли использовать сунский флот. В том же году Хубилай приказал построить 600 кораблей, и совместно с командующими сунской армией разработал план похода на Японию. Согласно ему нападение на Японские о-ва должны были осуществить две флотилии: Восточная, дислоцировавшаяся в Корё, и Южная — в юго-восточном Китае. Восточная располагала 900 кораблями с 10 тыс. корейских и 30 тыс. монгольских воинов. Южная флотилия состояла из 3,5 тыс. боевых кораблей со 100-тысячным сунским войском. Эти цифры, приводящиеся в исторических источниках, вероятнее всего, сильно преувеличены, но даже, если их уменьшить в 10 раз, на Японские о-ва направлялась огромная, сокрушительная сила. По плану флотилии должны были встретиться у о-ва Ики, и совместно начать атаку Японских о-вов.
В 1279 г. Хубилай направил в Японию еще одно посольство с посланием, в котором говорилось, что если японское государство не подчинится его власти, то его ждет судьба Южных Сун. Это посольство было также казнено японцами.