В течение всего периода существования Камакура бакуфу экономической основой обоих полюсов власти — кугэ сэйкэн и букэ сэйкэн — оставался сё̄эн. При этом в первой половине XIII века внутри сё̄эн, как и в японском государстве, взаимодействовали две системы управления. Пос-ле конфискации земельны владений у участников Дзёкю-но ран произошел передел земли. Не во всех случаях он был открытым, поскольку бакуфу через короткое время возвратило часть земель бывшим владельцам (как буддийским монастырям, так и аристократам) при условии новой конфискации при малейшим «непослушании». Как уже упоминалось, в первые годы существования бакуфу в сёэн были назначены представители сёгуна — дзито. Естественно, между управляющими сёэн (рёсю, или рёкэ) и вновь назначенными дзито были неизбежны острые противоречия, и история того времени наполнена конфликтами между дзито и рёсю. Вместе с тем, их мирное сосуществование в каком-либо отдельно взятом сёэн тоже не было исключением. И рёсю, и дзито были заинтересованы в получении максимальных доходов, поскольку тогда их собственная доля тоже возрастала. Имея в значительной степени одинаковые интересы, они должны были строить отношения с крестьянами, собирая ежегодные налоги и каким-то образом делить их между собой. К концу XIII в. основными сборщиками налогов стали дзито̄. Они собирали фиксированный налог (в каждом сё̄эн разный) и потом делили его с владельцами сё̄эн.
Ответственными за сбор налога и выполнение повинностей группами крестьянских хозяйств оставались крепкие хозяева-мёсю. Поэтому и рёсю, и дзито̄ имели дело, в основном, с мё̄сю, позиции которых в деревенской иерархии все более упрочивались.
В 20-30-х годах XIII в. в государстве 5 раз изменяли название эр правления в надежде выйти из бесконечного цикла засух, голода и эпидемий. Вторая же половина XIII в. ознаменовалась подъемом в земледелии. В Японии начали снимать по 2 урожая в год. В источниках того времени встречаются упоминания о ранней и «межсезонной» посадке риса, т. е., видимо, уже было известно несколько сортов. Шла распашка новых полей, расширилось применение тяглового скота и удобрений, почти повсеместным стало использование железных земледельческих орудий. Землепользование стало более интенсивным, доход с земли увеличился. Рост сельскохозяйственного производства стимулировал развитие торговли, единицей обмена в которой был рис и медная монета. Интенсификация земледелия, появление и развитие рынков вызвали изменения в структуре сё̄эн. В то время практически во всех владениях выросло количество мё̄сю, увеличилось их благополучие, что изменило положение сельской общины в целом: она стала более экономически защищенной. Дзито и другие представители провинциальной власти были заинтересованы в поддержке со стороны мё̄сю, а те в свою очередь в военной и политической защите.
Как в сёэн так и на государственных землях находившихся под контролем губернаторов провинций, жили ремесленники, занимавшиеся производством различных товаров. Они строили дома, делали земледельческие орудия, посуду, красили ткани, изготовляли бумагу, зонты и т. д. За это они получали земельные участки (сейчас достоверно не известно, обрабатывали ли они их сами, или получали с этих земель часть урожая).
Размер участков зависел от размеров владения, в
котором жил ремесленник, и от его специальности. Сохранился документ 1255 г., согласно которому губернатор провинции Иё (о-в Сикоку) наделил землей ткачей, плотников, красильщика тканей, мастеров по изготовлению зонтов, бумаги, седел, изделий из меди, горшечника. Всего было выделено 52 тё земли. 25 тё из них получили ткачи, 5 тё — плотники, все остальные от 3 до 4,5 тё.
Потребности буддийских монастырей и столичной аристократии удовлетворялись поставками из принадлежавших им сёэн. Летопись монастыря Тодайдзи в Нара свидетельствует, что в 1250 г. только из одного своего сёэн в провинции Тамба монастырь получил, кроме риса и ячменя, несколько сортов бумаги, ткани, фрукты, овощи, конопляное масло, грибы, сухие специи, лак, ямс, циновки, дрова и еще — около пятнадцати видов продуктов и изделий. Можно предположить, что из других своих владений Тодайдзи получал не менее широкий ассортимент.
В XII в. возникли дза, первые объединения ремесленников. Этим словом (букв, «сидеть») сначала называли место на рынке, где ремесленники одной специальности продавали свои изделия, затем — корпорации, объединявшие ремесленников одной профессии, обладавших монопольным правом на производство и сбыт своей продукции. В то время ремесленник и торговец еще были объединены в одном человеке. Первые рынки появились рядом с крупными монастырями, и потому получили название мондзэнмати — «квартал перед монастырскими воротами». Рынки существовали и в Хэйанкё, самым крупным из них был восточный рынок Сакё.