Однако при этом общегосударственная система управления рицурё, отягощенная институтами эпохи инсэй, также сохранилась. Таким образом, власть двора (кугэ сэйкэн) и власть военного сословия (букэ сэйкэн) продолжали существовать параллельно. Обе сложные разветвленные властные структуры поневоле взаимодействовали, поскольку ни одна из них не была в состоянии полностью взять верх. Это вынужденное взаимодействие было одной из характернейших черт первого сёгуната.
После смерти Минамото-но Ёритомо в 1199 году Ходзё Токимаса стал регентом (сиккэн, букв, «держатель власти») при Ёрииэ, втором сёгуне. Таким образом, внутри высшей власти бакуфу возник аналог дуальной системы императорского правления. В ней также возникли два соправителя, связанных родственными узами по материнской линии; при этом реальное управление осуществлял сиккэн из дома Хо̄дзё̄, а сё̄гун из дома Минамото обладал лишь представительскими функциями.
То, что в государстве на первый план выдвинулся незнатный провинциальный род военных, было, видимо, второй знаменательной чертой первого сёгуната. С 1200 г. до последних дней Камакурского бакуфу представители дома Хо̄дзё̄ были главной правящей силой. Можно считать, что основателем дома Ходзё был сам Токимаса: хотя «Адзума кагами» («Восточное зерцало», вторая половина XIII в.) возводил начало рода к Тайра-но Садамори, другие источники этого не подтверждают.
Возвышению рода Ходзё в первую очередь способствовала женитьба Минамото-но Ёритомо на дочери Ходзё Токимаса. Когда после смерти Ёритомо сёгуном стал Ёрииэ, он попытался управлять так же, как его отец, но натолкнулся на сопротивление матери и деда. Дело в том, что Ёрииэ был женат на девушке из дома Хики, второго дома верных соратников Ёритомо, и давнее соперничество родов Ходзё и Хики вышло на поверхность.
Дело закончилось уничтожением дома Хики и отстранением и убийством Ёрииэ в 1204 г. Однако борьба на этом не закончились. Ходзё Токимаса попытался сделать новым сёгуном сына второй жены Ёритомо, но этому воспрепятствовали Масако, вдова Ёритомо и ее брат Ёситоки. В результате Токимаса был сослан в Идзу, а сёгуном стал Минамото-но Санэтомо — младший сын Ёритомо. Ёситоки сделался сиккэн. Именно ему удалось укрепить власть бакуфу и покончить на какое-то время с внутренними противоречиями.
Отрекшийся император Готоба был сторонником сотрудничества двух политических центров. Официальной реакции двора на то, что сёгуном стал Санэтомо, не последовало, но его женитьба была воспринята с воодушевлением. Жена Санэтомо была дочерью ближайшего к Готоба придворного, что сразу сделало отношения между сёгуном и отрекшимся императором очень тесными. Готоба даже приглашал буси обучать его боевым искусствам, получил возможность лично (а не через бакуфу) командовать собственными военными отрядами.
Санэтомо тоже вполне удовлетворяло такое тесное единение с императорским двором. В нем гораздо сильнее, чем в отце и брате, проявлялись черты хэйанского аристократа. Он посвятил себя искусствам, особенно поэзии. Кроме того, он придавал значение и получению придворных должностей. В 1218 г. он стал удайдзин — правым министром. Однако радость его была недолгой: в 1219 году во время празднования по этому случаю Санэтомо посетил храм Цуругаока Хатимангӯ, где и был убит. Он не оставил наследников, и поэтому со смертью третьего
сёгуна линия Минамото-но Ёритомо прервалась.
За год до гибели Санэтомо, Ходзё Масако и сиккэн Ёситоки были озабочены вопросом выбора сёгунского преемника. Масако, отправившись в паломничество в храмы Кумано, посетила столицу, где заручилась обещанием двора, что следующим сёгуном станет сын Готоба. Сам Готоба в то время усматривал в этом большие перспективы, поскольку он мог бы выступать старшим в императорском доме и по отношению к императору, и по отношению к сёгуну, поскольку все они происходили бы из одного императорского рода. Но со смертью Санэтомо обстоятельства резко изменились, и Готоба взял обратно свое обещание. Тогда сёгуном сделали мальчика из дома Фудзивара, сына Кудзё̄ Митииэ малолетнего Митора, ставшего 4-м сёгуном под именем Ёрицунэ. Между двумя системами власти возникли родственные связи, сохранившиеся до конца первого сёгуната. Из последующих пяти сёгунов один был из дома Фудзивара, а остальные из императорского дома. Все они становились сёгунами в детском возрасте, и их меняли, отсылая обратно в Хэйан, как только они достигали 25–30 лет.
К сожалению, в исторических источниках нет никакой информации о том, что про исходило с середины 1219 г. до весны 1221 года, когда Готоба в императорском указе обратился к буси поднять оружие против бакуфу. Можно только предположить, что одной из причин конфликта стал отказ Готоба от своего обещания
относительно передачи его сыну поста сёгуна.