Как ни парадоксально, успех Ёсицунэ разгневал Ёритомо до такой степени, что он даже не допустил брата в Камакура, когда тот собирался доставить туда плененного Тайра-но Мунэмори. Ёсицунэ еще как-то пытался восстановить отношения и направил брату письмо, в котором заверял его в своей преданности и верной службе. Но, как часто бывает, в конфликт вмешалась третья сила, отрекшийся император Госиракава, преследовавший собственные политические интересы. Он приказал Ёсицунэ выступить против «бунтовщика» Ёритомо, спровоцировав, таким образом, открытый конфликт между братьями. В результате, Ёсицунэ был вынужден бежать, скрываться сначала в горах Ёсино, а потом на севере, в провинции Муцу, у своего давнего покровителя. Любопытно, что во время «войны гэмпэй» (между Минамото и Тайра) Фудзивара-но Хидэхира в Муцу удалось сохранить нейтралитет. Однако, вскоре Хидэхира умер, и дом возглавил его сын Ясухира, который под давлением Ёритомо выступил против Ёсицунэ. В 1189 г. в возрасте 30 лет Минамото-но Ёсицунэ покончил с собой.
Блестящий талант и трагическая судьба сделали Ёсицунэ одним из самых популярных героев средневековой Японии. Его жизнь еще долгое время продолжала оставаться источником разнообразных легенд. Так, — например, считалось, что Ёсицунэ после смерти Хидэхира нашел убежище на «северном острове» (Хоккайдо̄), потом переправился на континент и появился в Монголии под именем Чингисхана. В XV в. легенды о Ёсицунэ приняли завершенную форму в «Гикэйки» («Сказании о Ёсицунэ»).
После того, как Фудзивара-но Ясухира привез голову Ёсицунэ, Ёритомо попытался найти повод для начала военных действий против о̄сю̄ Фудзивара и обратился ко двору за получением приказа о наказании «бунтовщиков», укрывавших от розыска Ёсицунэ. Двор такого разрешения не дал. Отрекшийся император Госиракава, тщетно пытавшийся ослабить Ёритомо, воспользовавшись конфликтом между братьями, все еще надеялся достичь своей цели.
В 1189 г. Ёритомо, так и не получив распоряжения двора, выступил против Фудзивара во главе отряда в 1 тыс. всадников. Ёритомо понадобилось меньше месяца, чтобы подавить сопротивление; его отряд вошел в Хираидзуми — столицу владений Фудзивара — и взял в плен Ясухира. Тогда двору ничего не оставалось, как признать правильность действий Ёритомо. Двор издал указ о наказании Фудзивара. Прекрасный город, созданный тремя поколениями северных Фудзивара, был разрушен, а провинции Муцу и Дэва вошли во владения Минамото-но Ёритомо.
Одним из главных требований Минамото-но Ёритомо к отрекшемуся императору Госиракава было предоставление ему права самому назначать дзито̄ — «управляющих земельным владением», и сюго — «военных губернаторов провинции». Учреждение этих двух административных должностей было необходимо, главным образом, для урегулирования связанных с земельными владениями противоречий между хэйанской аристократией и воинами, использовавшими «право сильного» в период «войны гэмпэй». В районах Канто̄ и части Кинай новая должностная система начала работать в 1190–1199 гг.
Термин дзито̄ впервые появился в IX веке, но означал вид земельного владения а не должность человека, Однако уже в XI в. в ряде документов, связанных с сёэн, рекомендовалось обращаться к дзито, чтобы разрешить ту или иную спорную ситуацию. В 60–80 годах XII в. дом Тайра назначал в свои владения дзито из числа преданных вассалов, чтобы поддерживать порядок и следить за сбором налога. Тогда это нововведение касалось исключительно земельных владений Тайра, но с 1185 г. власти бакуфу получили право назначать дзито̄ во все владения как аристократии, так и церкви.
Владельцы сёэн вынуждены были согласиться с появлением в их владениях посторонних «контролеров», большей частью воинов Канто. В сёэн дзито:
I — собирал налог для владельца сё̄эн;
II — имел право судить и наказывать за нетяжкие преступления;
III — возглавлял администрацию владения и имел
право назначать ее чиновником данной;
IV — был ответственным за все работы в сё̄эн, строительство и поддержание ирригационных сооружений, дорог и пр.
За это дзито получал наследственное право на владение участком земли в подведомственном ему сёэн.
Для бакуфу, обладавшему военной силой, было важно не столько юридическое право на владение землей, сколько установление своего реального контроля в том или ином сёэн и, разумеется, на провинциальном уровне. Для этого и понадобилось введение должности сюго, хотя она тоже не была новой. В эпоху Хэйан существовали временные должности о̄рёси и цуйбуси — специальных контролеров или управляющих, которые назначались императором в особых случаях (военных конфликтов, земельных споров и пр.). Как правило, на эти должности выбирались представители местной знати.
Сюго имели следующие обязанности:
I — набор воинов провинции для сторожевой службы, и для службы на время военных действий,
II — поддержание порядка в провинции и, в случаях необходимости, арест преступников.