На эти должности, в большинстве случаев становившиеся наследственными, назначались наиболее преданные военачальники сёгуна, часто уже занимавшие какие-либо должности в провинциальных управлениях. Такими были главы домов Миура, Тиба, Ояма. Сюго, обладая военной силой, под предлогом преследования преступника вторгались в сё̄эн, присваивали себе земли арестованного, или просто захватывали те или иные участки.
Судя по всему, введение административных должностей дзито и сюго давало возможность бакуфу установить некоторый контроль над землями и людьми, хотя на всем протяжении существования первого сёгуната управление как земельными владениями, так и провинциями сохранялось, по большей части, в руках прежних владельцев.
Гокэнин (вассалы сёгуна) — еще одно введение Ёритомо. В эпоху Хэйан «кэнин» назывались воины (буси, или самурай), служившие аристократическому (кугэ) или военному (букэ) дому. Они подчинялись приказам главы воинского формирования (ро̄до̄ или ро̄дзю̄). Слово гокэнин образовано добавлением уважительной частицы «го» к прежнему названию. Это были воины-буси, находившиеся на службе у Минамото-но Ёритомо и его сыновей. Гокэнин, или, как их еще называли, Камакура-доно гокэнин («гокэнин камакурского господина») или Канто̄ гокэнин, имели как бы более высокий статус, чем остальные буси. В их обязанности на службе сёгуна входило:
I — нести сторожевую службу у императорского дворца;
II — осуществлять охрану дворца сёгуна в Камакура;
III — охранять границы страны от вторжения чужеземцев;
IV — исполнять военную службу в случае возникновения войны.
За это сёгун, в свою очередь, должен был обеспечить им гоон — охрану незыблемости земельного владения, к которому могли присоединяться дополнительные участки в качестве вознаграждения за службу.
Хотя Минамото-но Ёритомо стремился утвердить свою власть в рамках политической системы Камакура бакуфу, он не намеревался при этом ликвидировать власть императорского дома. Такая двойственность властных структур была отражением сложных процессов, происходивших в то время в японском обществе.
Успешная кампания против северных Фудзивара (осю сэйбацу) была настолько убедительным доказательством военной мощи Минамото-но Ёритомо, что в 1192 г. последовал императорски указ, даровавший ему титул сэйи тайсёгун. Забегая вперед, необходимо отметить, что Ёритомо уходит в отставку с поста сёгуна в 1195 г. с тем, чтобы получить более высокий пост в общегосударственной иерархии — утайсё̄ (главы внутренней дворцовой стражи). Это показывает, что для Ёритомо было по-прежнему важно вписаться в существовавшую иерархическую систему императорского двора. Так же, как Тайра-но Киёмори, Ёритомо мечтал стать дедушкой императора, и, таким образом, легитимным соправителем в государстве. В 1195 г. ему удалось выдать дочь замуж за императора Готоба. Но мечтам не суждено было сбыться из-за скорой смерти дочери. В 1196 г, Ёритомо вернулся в Камакура. Фоном этих событий стал его конфликт с его старейшим соратником, представителем столичной аристократии Кудзё̄ Кандзанэ, дочь которого также была одной из жен императора. Кудзё̄ Канэдзанэ стал сэссё̄ в 1186 г. Он был сторонником сотрудничества императорского двора и бакуфу, и есть свидетельства, что будто бы именно он способствовал выходу императорского ука о присвоении титула сэйи тайсёгун Ёритомо в 1192 г. Однако 1196 г. политическая карьера Кудзё̄ Канэдзанэ завершилась, он лишился всех титулов и поста главы дома-клана.
Подобно большей части аристократических семей, дом Минамото имел свою систему управления людьми и землями. Ее элементами были, во-первых, образованное в 1180 г. самурай докоро, помимо исполнения военных и полицейских функций, ведавшее делами вассалов Минамото — гокэнин; во-вторых, юридическое ведомство монтю̄дзё, созданное в 1184 г. и занимавшееся судебными делами; и, в-третьих, мандокоро (или кумондзё), созданное в 1190 г. для решения как политических, так и общеадминистративных вопросов. Постепенно эти ведомства одного дома-клана начали работать в более широких, общегосударственных масштабах. Таким образом к концу XII в. были фактически созданы все главные институты управления бакуфу.
Кроме того, были созданы ведомства в районах, которые необходимо было держать под постоянным контролем. В императорской столице была учреждена должность Кёто сюго (своего рода, военный губернатор Киото), в зону деятельности которого входила не только столица, но и западная часть страны. На Кю̄сю̄ был назначен тиндзэй бугё̄. Район, присоединенный после военного похода на север 1189 г. начал управляться с 1195 г. осю собугё. На эти должности назначались наиболее верные вассалы Минамото-но Ёритомо. На уровне провинций исполнение распоряжений бакуфу было в руках сюго, в сёэн — дзито.