Хатакэяма был крайне недоволен нерешительностью сёгуна вернулся со своей армией в Камакура. Вновь происходила перегруппировка сил. Никки Есинага со своим отрядом присоединился к южному двору, также поступил и Хосокава Киёдзи.
В начале 1362 г. силы южного двора двинулись к столице Ёсиакира покинул столицу вместе с императором. В 4-й раз армии южного двора вошла в столицу и, как уже неоднократно бывало, вновь была вытеснена оттуда войсками сёгуна менее, чем через 20 дней. После этих событий единственным очагом сопротивления оставался о-в Кю̄сю̄, находившийся под контролем принца Канэнага. Многие, даже самые верные, сторонники покинули южный двор. После смерти Гомураками в 1368 г. на сторону северного двора перешел Кусуноки Масанори. Новым императором ветви Дайкакудзи стал Тё̄кэй.
В 1371 г на Кюсю на должность тиндзэй тандай был назначен Имагава Садаё, один из самых блестящих людей своего времени. Он был знаменитым поэтом, талантливым военачальником. Помня о предыдущих попытках наведения порядка на Кюсю, Имагава действовал продуманно и постепенно. Сначала он добился соглашения с главой дома Оути [провинция Суо], потом, с помощью Хосокава, — соглашений с военными домами на о-ве Сикоку, и только затем предпринял наступление на Кюсю. В 1372 г. Имагава захватил дадзайфу, вытеснил Канэнага и вступил в должность. Однако полностью остров перешел под контроль бакуфу только после 1383 г., со смертью Канэнага.
Воссоединение императорского дома произошло в 1392 г. по Настоянию сёгуна Ёсимицу, когда император Гокамэяма согласился прибыть в столицу, где и произошло объединение дворов.
История противостояния двух императорских дворов — лишь внешняя сторона глубокого процесса перемен, происходившего в японском обществе на протяжении всего XIV в. То было время практически полного ухода с политической сцены аристократического сословия, завершения кобу сэйдзи — политики сосуществования аристократии и военных, характерной для первого бакуфу. На авансцене государственной жизни прочно утвердились воины-букэ, которые, впрочем, стремились вписаться в иерархию императорского двора и создать единую систему власти.
В 1336 г. в преамбуле «Кэмму сикимоку» — документа, который был, скорее, политическим манифестом, чем законодательством, — отмечалось что новая власть должна установить мир, закон и порядок, при которых улучшится жизнь людей. Чтобы достичь «правильного» управления считалось необходимым провести в жизнь следующие меры:
I) Строжайшая экономия во всем;
II) Запрет пьянства и азартных игр;
III) Наказание за разбой, убийство и иные жестокие преступления;
IV) Прекращение вторжений в жилища людей и вмешательства в частные дела;
V) Возвращение земли прежним владельцам и разрешение восстановления их жилых построек (в столице);
VI) Создание отрядов для борьбы с огнем (т. е. пожарных дружин) и проведение противопожарных мер;
VII) Подбор людей на должности сюго в соответствии с их качествами и способностями, поскольку с давних времен именно они обеспечивали мир и порядок в провинциях;
VIII) Прекращение подачи советов государю со стороны придворных, женщин и буддийских монахов,
IX) Усиление дисциплины среди чиновников и тщательный подбор кандидатов на должности;
X) Запрещение взяток;
XI) Запрещение принимать подарки как служащим дворца, так и служащим всех недворцовых ведомств;
XII) Подбор личных служащих правителей (императора и сёгуна) по благосклонности правителей;
XIII) Точное исполнение церемоний и скрупулезное соблюдение различий в рангах;
XIV) Специальное награждение за хорошую службу;
XV) Принятие и разбор петиций и жалоб бедных и обиженных;
XVI) Тщательное изучение петиций буддийских и синтоистских храмов, отклонение несправедливых;
XVII) Принятие скорых и справедливых судебных решений, недопущение отсрочек и несправедливых решений.
В заключении говорилось, что примером будущего государственного устройства должны быть годы Энги (901–923) и Тэнряку (947–957) правлений императоров Дайго и Мураками, а также примеры деятельности отца и сына Хо̄дзё̄ Ёситоки и Ясутоки. Таким образом, подчеркивались разделение и равнозначность властей букэ и кугэ в государстве.
Не только содержание, но и формальные особенности «Кэмму сикимоку» демонстрировали важность этого документа для Такаудзи, да и для всего последующего правления Асикага. Слово «сикимоку» в названии демонстрировало преемственность по отношению к законодательству Хо̄дзё̄ «Госэйбай сикимоку», а количество статей (17) явно перекликалось с 17 статьями Сё̄току-тайси Таким образом подчеркивались непрерывность существования государства, незыблемость власти, несмотря на все потрясения.