По-прежнему, как и в первом бакуфу, титул «сёгун» присваивался указом императора, хотя сам император оказывался на троне благодаря помощи и усилиям букэ. Так было, в частности, с Асикага Такаудзи, получившим титул «сёгун» от императора Комё. Кроме того, В структуре управления нового бакуфу сохранялись все институты предыдущего (самурай докоро, мандокоро, мантюдзё, хёдзёсю, хикицукэсю). Однако главной действующей политической фигурой стал сам сёгун, а не сиккэн, институт которых перестал существовать после разгрома
дома Ходзё.
Столицей нового бакуфу стал Киото, что было связано с необоримостью контроля над южным двором в Ёсино. Кроме того, перенос политического центра в бурно развивавшийся в XIII в. регион Кинай, возможно был подиктован экономическими интересами сёгунов.
Хотя жизнь придворной аристократии становилась все более зависимой от букэ, последние соревновались в получении придворных рангов и титулов, что свидетельствовало об их стремлении сделать свою власть легитимной посредством традиционных государственных структур. Примером такого рода является судьба 3-го сёгуна Асикага Ёсимицу. Он получил первый придворный ранг в возрасте 22 лет, а в 1394 г. покинул пост сёгуна, получив высшую придворную должность главного министра (дадзё дайдзин), что, вероятно, было связано с его высокой репутацией среди кугэ после того, как он сумел добиться воссоединения императорского дома.
Если первый бакуфу рассматривал себя как отдельный самостоятельный элемент кобу сэйдзи и строил систему управления по модели императорского двора, вплоть до повторении системы двух соправителей, то во втором бакуфу наблюдалось стремление к созданию единой с императорским двором системы управления государством. Это хорошо видно на примере эволюции сюго. В период Камакура сюго составляли опору власти бакуфу в провинциях. Ходзё, понимая важность этого института, сохраняли за собой прерогативу назначения на эти должности. К концу периода они сумели назначить сюго в 28 провинций из 57. В остальных провинциях, расположенных в центральной и западной частях страны, административная и судебная власть по-прежнему оставалась в руках чиновников управителей провинций. Сами же управители (кокуси), как правило, жили в столице. По мере ослабления кугэ сэйкэн (власти придворных) возникала необходимость заполнить пустоты в системе управления. Главные изменения произошли в период в 1333–1346 гг. В 7-й статье «Кэмму сикимоку» Асикага Такаудзи особо подчеркивал роль и значение сюго. Император Годайго назначал на посты сюго представителей придворной аристократии или военачальников, которые совмещали должности сюго и кокуси, что привело к слиянию двух должностей, а, следовательно, и их функций на провинциальном уровне. В 1346 г. это было подкреплено юридически специальным указом сёгуна, расширившим полномочия сюго. К существовавшим с первого бакуфу обязанностям было добавлено еще две:
A — право устанавливать и развивать отношения с акуто;
B — исполнять указания бакуфу по конфискации и перераспределению владений.
Таким образом, сюго теперь исполняли как судебные, так и фискальные функции, полностью заменив кокуси. В период правления первых двух сёгунов Асикага в центральные и западные провинции назначались люди не местного происхождения, т. е. менялся принцип назначения власти на местах по принципу преданности бакуфу.
Видимо, одной из главных трудностей с которой столкнулся новый сёгунат после того, как отгремели сражения, и произошло воссоединение императорского двора, был сепаратизм отдельных районов. Канто, Осуми (север Хонсю), Кюсю не просто были расположены далеко от столицы, от центральной власти, но и имели свои культурные и экономические отличия, к которым добавилась сила местных военных домов.
С правлением 3-го сёгуна Асикага Ёсимицу были связаны мероприятия по оформлению структуры государственного управления. Необходимо было найти некий баланс власти между сёгуном, двором и сюго, создать централизованную систему управления, которая позволила бы держать под контролем эти территории. Это была одна из первых попыток в японской истории создать систему государственного управления, реально действовавшую на большей части японского архипелага, а не только в районе Кинай. До XIV в. владения на севере и юге страны были практически самостоятельными, да и отношения Кинай-Канто тоже были, скорее, «равноправными», нежели построенными на принципах административного подчинения.
Вероятно, перенесение столицы бакуфу в Киото