Были восстановлены прежние, действовавшие ранее административные органы: самурай докоро, ведавший делами самураев и осуществлявший военно-полицейские функции и охрану столицы, мандокоро (общее управление, финансы), монтю̄дзё (суд, законодательство, земельные отношения) и др. Тем не менее, возрождение этих прежних управленческих структур камакурского сёгуната, не привело к восстановлению централизованного управления страной. Земли, раздававшиеся сёгунатом своим союзникам по военным коалициям, усиливали их экономическое, а, следователь но, и политическое влияние. Они все меньше считались с центральной властью, тем более, что собственные земельные угодья дома Асикага в первой половине XV в. состояли всего из 35 владений, и концентрировались, в основном, в нескольких провинциях в районах Канто̄ (совр. префектуры Тотиги, Тиба, Канагава) и Кинай (совр. префектуры Айти, Киото и Окаяма).
Большое значение имело и то, что весь район Канто̄ с его десятью богатейшими провинциями фактически составлял совершенно сепаратную зону. Здесь власть фактически принадлежали феодальным домам одной из ветвей дома Асикага.
Представители правящей здесь элиты сёгуната Муромати получали от династии Асикага титул канрэй, «управляющих» сёгуна, как бы представлявших и осуществлявших его власть на местах. В действительности, весь этот огромный район представлял собой, по существу, независимую от центральной власти территорию.
Экономическая мощь позволяла канрэй все шире вмешиваться и в дела сёгунов. Из ближайшего окружения Асикага выдвинулись три феодальных семьи (Сиба, Хосокава, Хатакэяма), наиболее активно претендовавшие на высшие должности в аппарате сёгунского правления. Они выполняли разнообразные функции: Главного координатора сёгунской администрации, непосредственно секретаря сёгуна (сицудзи), главы судебного органа (хикицукэ то̄нин), главного политического советника для урегулирования отношений среди сёгунских вассалов.
6-й сёгун Ёсинори (1428–1441) попытался несколько ограничить влияния канрэй. Для этого он стремился оживить деятельность совещательного совета при сёгуне из главных вассалов (хёдзёсю). Однако ему не удалось добиться этого из-за сопротивления канрэй. Все же, в конце 30-х годов XV в. Ёсинори смог вновь подчинить центральной власти наиболее независимый и экономически сильный район Канто.
Реальная власть сёгуна в тот период опиралась на объединение двух наследственных структур — личную охрану, своеобразную лейб-гвардию (хокогата) и бугёнинсю — чиновников-администраторов, представлявших мандокоро.
Хокогата как личная охрана подчинялись непосредственно сёгуну. Сохранились списки стражников (гобансё) за 40-е и 50-е Годы XV в. Они были организованы в 5 групп (гобан), и структура некоторых из них полностью сохраняла иерархию в системе феодальных домов, из которых они набирались. Деятельность чиновников бугёнинсю распространялась далеко за пределы мандокоро, и охватывала самурай докоро и монтюдзё.
В середине XV в. наследственные администраторы были выходцами из нескольких феодальных семей — Ино̄, служившие еще в камакурской администрации, Сэй, Дзибу, Мацуда, Сува, Накадзава, Фусэ.
В сборнике документов того периода «Бугё̄нин хо̄сё» («Административные директивы») перечислены должности, которые занимали администраторы.
Это — секретари сёгунского правительства (юхицусю),
советники (сикихёдзёсю),
судьи (хикицукэсю).
Представители административной службы сёгуната, монополизировавшие эти должности, на фоне основной массы самураев были весьма грамотным слоем общества, обладали опытом административной практики и серьезной юридической подготовкой. Они традиционно пользовались уважением в правящей элите и в обществе в целом.
То, что даже низшие звенья административного аппарата обладали монополией на наследственное замещение должностей, давало сёгунам определенную возможность бороться за ограничение влияние канрэй. Сёгун, опираясь на группу семей, наследственно связанных с его администрацией, и на свою личную систему охраны, стремился единолично контролировать политическую и судебную области деятельности правительства.
Впрочем, наследственный принцип формирования административного аппарата приводил и к некоторым отрицательным по следствиям. Среди наследственных чиновничьих групп был силен дух родственной и корпоративной солидарности, которая к концу XV в. сделалась так сильна, что сложилась ситуации, когда нередко горизонтальные связи оказывались значительно сильнее чем вертикальные. Таким образом, нарушалось взаимодействие между высшими и низшими уровнями в администрации.
Кроме того, это провоцировало конфликты между различными органами сёгунской администрации. Так, в 1485 г. возникло острое противостояние между бугё̄нин и стражей. Внешне повод глядел не особенно серьезно — вопрос был в том, где им располагаться во дворце сёгуна, в частности, на разнообразных приемах. На самом же деле речь шла об определении статуса каждой этих структур в системе власти.