Второй этап восстания ознаменован созданием сербской администрации. Наряду с судами, организованными в селах,
Померявшись силами, сербы и Порта возобновили переговоры, которые от имени Карагеоргия вел белградский купец Петр Ичко. Требования сербов стали умереннее. В случае заключения мира представитель турок должен был оставаться в Белграде, но все должности доставались сербам. Дань должна была выплачиваться единовременным платежом. Выдворению из пашалыка должны были подвергнуться только «злые турки». По главным пунктам было достигнуто согласие, что позволило наместнику султана вернуться в Белград. Султану оставалось только издать соответствующие фирманы, но неожиданный поворот событий сорвал заключение договора («Ичков мир»).
В конце 1806 г. Россия вступила в войну с Турцией, что коренным образом изменило ее отношение к повстанцам. Отказ сербов от продолжения переговоров с турками ознаменовал начало краткого периода сербско-российского военного союзничества. Освободив Молдавию и Валахию, русские войска подошли к Дунаю. Один отряд переправился на другой берег и участвовал в боевых действиях вместе с сербами. А позже русские заходили даже в Белград и Шабац. Успех окрылил восставших. Победами закончились кровопролитные сражения под Штубиком и Малайницей. Был осажден Ниш, набегам подверглись Лесковац и районы вдоль реки Нишавы. Вспыхивают новые очаги восстаний. Города Прибой, Рудо и Вишеград временно переходят под контроль сербов.
Однако международная политика вновь вмешалась в ход восстания. Заключение Тильзитского мира (1807) повлияло на русско-турецкие отношения, что привело к заключению перемирия в Слободзее в августе 1807 г. Предусмотренная им русская протекция над сербами оставалась эффективной все то время, пока велись переговоры о мире, — до весны 1809 г.
Пока длилось перемирие (1807–1809) сербы залечивали раны, возрождали разоренную войнами землю, а также предпринимали меры по укреплению государственных институтов.
Была предпринята реформа армии и государственных финансов. Особое внимание уделялось школьному образованию. Помимо существовавших монастырских школ открылись 50 новых, а в Белграде в 1808 г. появилась Великая школа — прообраз гимназии. Значительную помощь оказали венгерские сербы, приезжавшие учительствовать. Среди них был и писатель Досифей Обрадович, ставший попечителем просвещения. В ученых книгах XVIII в. повстанцы позаимствовали символы, появившиеся на их печатях и знаменах.
В 1809 г. с возобновлением Русско-турецкой войны начался следующий этап восстания, характеризуемый обновленным сербско-российским союзничеством (1809–1812). Повстанцы повели наступление по нескольким направлениям сразу (на Видин, Ниш, Боснию, Стари-Влах). Расчет был на то, что и русские войска перейдут в наступление, которое, однако, задерживалось. Карагеоргий продвинулся далеко в глубь районов, прилегающих к реке Лим, где к нему присоединились горские племена. К срочному отступлению сербского вождя вынудили известия об успехах турок, одержавших победу в сражении под Каменицей (близ Ниша). Им удалось создать коридор вдоль Моравы вплоть до Дуная. Карагеоргию стоило больших жертв остановить их наступление. Положение облегчили переход русских войск через Дунай в сентябре 1809 г. и начало боевых действий в Северной Болгарии. За исключением Крайны и долины Тимока, сербы вернули все освобожденные территории, включая оборонительные сооружения в Делигра-де. Весной 1810 г. повстанцы совместно с русскими освободили области Крайна и Црна-Река. А победы в битвах у Варварина (сентябрь 1810 г.) и на Тичаре под Лозницей (октябрь 1810 г.) остановили наступление турок. Однако силы сербов были истощены многолетней войной. Все чаще среди вождей повстанцев возникали разногласия. Усиливалась группа противников Карагеоргия.